苏州马小云-
剧场版是真正的25话，作为剧情和心灵补完之间，真嗣掐明日香，后来不是松手了吗，没看见明日香的眼睛后来动了一下，还说了一句话：真是令人讨厌。之类的，至于凌波，他回归了LILITH本体（因为他是LILITH灵魂容器）找到了真嗣，开始人类补完，但真嗣到了LCL世界发现还不能被别人认可，于是他想回到原来的世界，于是LILITH死了，世界上只省下你看到的哪2个，成了新的ADAM夏娃
至于初号机，可能是第2使徒加装甲，所以有灵魂，不像EVA系列，会暴走，觉醒，EVA里好像是没有夏娃的，总之关于初号机有很多说法
TV版（26集版，后文解释）和剧场版是两个不同的结局。明日香既然是被精神攻击了，那么一定就是精神崩溃了。真嗣掐死了明日香，但我们都不承认现实的。 30集的版本应该是01年重新剪的，22集以后开始有改动，跟剧场版的分歧更大，所以理解EVA最好还是“理解精神”，不能死钻牛角尖。剧场版凌波终于抛弃源堂向真嗣敞开了心扉，所以死了。
下面是一些网上对最后一集的解释 相信你看完就会了解了
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第十七使徒被消灭后，NERV的工作似乎已经结束，各个部门的职员们正在祥和的气氛中谈论以后的去向。这时，NERV本部突然遭到了战略自卫队（后简称战自）的袭击。原来战自得到消息称NERV企图引发“第三次浩劫”，于是他们标榜着“保护全人类”的口号对NERV的工作人员进行了惨无人道的大屠杀。
杀死了渚薰以后，碇真嗣无法再振作起来，整天沉浸在痛苦的思考中，无心去应付战自以及来自人类补完委员会的EVA量产机的攻击……
精神崩溃了的明日香失去了生存的意志，但当受到战自的威胁、生命危在旦夕的瞬间，她感受到了EVA机中母亲的存在，并在驾驶舱内见到了母亲的笑颜。突破了心之障碍的明日香觉醒过来，与战自以及EVA量产机展开了殊死的战斗……
为了与碇唯再会而被制造出来的绫波丽，在与碇源堂约定之时，来到了NERV底层中央教条的红色水池边。无论是作为容纳碇唯灵魂的容器或是“人类补完计划”的道具，她的命运也会就此结束（再生？），而已感到自我灵魂存在的丽的抉择是……
在战自的攻击之下，葛城美里不但要完成加持良治未完成的对“第二次浩劫”真相以及“人类补完计划”的探查工作，还要保护真嗣与明日香以及防备Seele 对初号机与二号机的物理接触，她的忙碌直至被战自的流弹击中为止。
出于对碇源堂的憎恨，赤木律子接受了Seele引爆MAGI的提案，但拥有赤木尚子思维方式的MAGI选择了碇源堂而放弃了自己的女儿，拒绝了自爆的提议。之后，律子被源堂射杀……
根据《死海文书》所记载，十数年后一定会引起第三次浩劫，Seele需要所有的EVA去完成《人类补完计划》。他们一方面告知战自NERV企图引发第三次浩劫，挑动战自攻击NERV，另一方面指挥量产机与EVA作战。Seele使用如此残虐的手段，其目的是——改变人类物质存在方式的通过仪式。
长期与Seele共事的碇源堂、冬月幸增、碇唯，为了防止人类“最终的悲剧”，将人类引导入“新的世界”而酝酿了他们自己的“人类补完计划”。碇唯于2004年作为“被试验者”在试验中消失，十年后，源堂与冬月希望通过丽与莉莉斯的融合去补完人类，但在那之前，源堂希望能与碇唯相聚……
“人类补完计划”实行——除真嗣与明日香之外，全人类失去了物质形态与绝对领域，融合成了一个整体。
okok云-
SEELE要提前补完人类，而锭YD背叛了SEELE，可能要丽分解LILITH。于是攻打NERV。其中2号机被产产吃的差不多了。shinji在思考自己的内心无奈的上了初号机。看到明日香的惨状而自愧，痛苦。于是本来和老锭的凌波为了使shinji不在痛苦，想要与shinji补完在lcl的世界。背叛了老啶。夺取了老啶手上的亚当之卵和LILITH结合，但是补完还需要朗基路斯枪。只有初号机有能力把月球上的枪给引过来。。。。。。
但是SHINJI又不想补完了，想回归现实世界。于是补完失败了，人类真的死完了。就剩下SHINJI和ASUKA。
至于为什么ASUKA没死，大概是因为她有妈妈的ATFILD
或者是SHINJI不希望她死。因为SHINJI后来成为了神。可以改变世界。
最后为什么掐明日香？不知道，可能是因为想看看世界是否真实。或者自愧。
（一）原先的计划
" Seele原计划是亚当回归Lilith，Lilith + 罗基奴斯长枪 + 熏融合。
" Seele取Lilith身上物质制作Lilith复制品初号机。
" 渚熏。
1. 熏是一个灵魂的容器，身体只是一个空壳，有自我却没有灵魂。
2. Seele在他的身体中放了亚当的魂，是为补完之用。
3. 零跟熏一样，但零身体中放入的是Lilith的灵魂。
4. 熏在Seele无意间捡到，所以会听从Seele所言。
5. 熏知道自己是使徒要回归亚当。
6. Seele骗熏Nerv中的Lilith是亚当，骗熏去回归Lilith就能实现补完计划。
7. 进行补完时要有个自我意志主导Lilith，Seele利用会听话的熏执行计划，成功时会像零与Lilith融合若般。
" 不能有使徒干涉计划，歼灭所有的使徒。
1. EVA量产机是进行仪式的工具。零号机到肆号机为对付使徒而造。
2. 据第24话，熏对贰号机说「亚当的分身」「EVA系列从亚当所生」代表贰号机是复制亚当的，推测连零、参、肆号机也是。
3. 只有初号机是Lilith的分身。
（二）计划遭受破坏
" 源堂暗中进行着自己的计划。
1. 原因：源堂的爱妻碇唯在初号机第一次接触实验中融进了初号机，源堂心痛不已。
2. 而且：初号机的地位相当于神：
a. 唯这个科学家在初号机中就是有智慧之果。
b. 初号机夺走第14使徒的S2机关得到生命之果。
c. 两种果同时拥有，地位相当于神。
d. 唯(初号机) = 神，想见唯就要提升自己的地位。
3. 源堂利用零，引导他见唯。
4. 零的效果与熏相同，听从源堂照计划实行。
5. 零装载Lilith的魂。
a. 备注：Lilith的魂不代表拥有Lilith的意志。
b. 而且：零自己产生了属于自我的意志想法。
c. 所以：零会听从源堂。
" Seele后悔将Nerv交给源堂。
1. 源堂对付第15使徒乘机用去罗基奴斯长枪。
2. 对付第16使徒的时候，零号机自爆但零没死。
a. LCL水槽中有好多零的躯壳，这已是第三个零。
b. 此事Seele觉得非常可疑，要求零受质询，源堂却派律子去敷衍，所以Seele对源堂根本失去了信任。
" Seele怕源堂出怪招。
1. 直接让熏以第五适格者的身份直接进入Nerv，然后攻去与Lilith融合，达成补完。
2. 后来熏与真嗣发生了感情，看见Lilith后又识破了Seele的谎言，知道那是Lilith不是亚当，便选择死。
3. 把Seele逼得用初号机补完，是源堂见到唯的其中一个步骤。
4. Seele的计划改变。
a. 9台EVA系列形成逆生树，将黑之月引出。
b. 加上初号机与长枪融合而形成生命之树汇集生命。(有如第二次冲击一般)
5.
a. 第二次冲击是亚当与长枪融合后，产生大爆炸。
b. 开始汇集生命(4.的b.所述)。
c. 葛城调查队人员极力将亚当的力量抽出，汇集生命失败。
6.
a. 提示：不该把亚当看做第一使徒，该看成是Lilith的分身，初号机也是Lilith的分身。
b. 结论：说通为什么初号机也有光之翼、也有补完的功用。
（三）人类补完仪式
" Seele所想的。（真心为你）
1. 初号机暴走，真嗣搭上初号机飞出Nerv。
2. 真正的长枪被初号机从月球召回。
3. EVA系列挟持了EVA初号机到上空。
4. EVA系列释放S2机关形成逆生树发出反AT力场，黑之月(Geo-Front)被引出。
" 源堂同样进行着见唯的计划。
1. 源堂之前就已将卵行的亚当融入自己手中，熏被杀后，亚当的魂回到那个卵中。
2. 源堂将手中的亚当放入零的身体中。
3. 零背叛源堂「我并不是你的玩偶」后便回归了Lilith。
4. 因为：源堂把零当成傀儡，为见到唯而造的工具。零曾说「不行，碇君在呼唤我了」因为真嗣把零当成是一个人。
5. Lilith得回自己魂。
6. 零回归Lilith，想为真嗣达成心愿。
7. Lilith变得比Geo-Front大。
8. EVA系列围绕Lilith发出AT力场与Lilith同化，脸也变的跟Lilith的零一样了。
9. 真嗣回忆自己不被重视，希望大家都去死(这是神之子愿望)。
10. Lilith的零实行真嗣(神之子)的愿望。
11. 初号机跟长枪融合成生命之树。
12. EVA系列将黑之月升到大气F层的高度(海拔22万公里)。
13. Lilith变得地球1/5的巨大。
14. 反AT力场具象化，虚幻的零变成你的亲人、爱人。一旦接触，你的魂会被释放肉体会变为LCL生命之水。
15. 人类灵魂的红色小点都与Lilith融和一体。
16. EVA系列用他们的长枪刺自己的核心。
a. 目的：镇压了人类的自我。
b. 人类自我与灵魂相逢之时，AT力场又会展开，便无法进行融合又会分离。
17. 初号机(生命之树)也进到Lilith，飞舞着的零其实是人的灵魂。
18. Lilith中，真嗣觉得这不是自己要的世界。
a. 希望能与大家共享天伦之乐。
b. 于是他展开AT力场拒绝融合。
19. 突然Lilith颈部一道血光，喷出的血直达月球。
20. 初号机从Lilith的左眼破茧而出。
21. 黑之月崩裂，Lilith解体，补完失败。
蓓蓓-
人类补完.....只剩真嗣明日香.....成为新世界的亚当夏娃.....
snjk-
真嗣是反面教材，结局是个“悲剧”，这样想比较容易理解一些。
具体的要比较复杂，因为故事牵扯到宗教，是犹太教哦~
简单的说就是所有人都融合了，只有真嗣和明日香留了下来
融合是真嗣的意愿（他想和别人交流，可是有不知道怎么做，就从了这么个办法）最后他反悔了，因为当时他算是神的存在所以他想怎样就怎样，明日香的留下有说是她自己的意志，有说是真嗣的意愿
这是电影版结局，不是TV版的，TV版是强加上的结局，虽然是相对圆满的，不过不好
个人见解，真正怎么回事只有大神知道。。
CarieVinne-
老调重弹,其实最根本就不应该看OVA,我一直认为看OVA就是错误,TV的结局随说差强人意,但是绝对比OVA的好.OVA只能让你走向郁闷