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阿笠博士是坏人这一点已经被原作者否定了。
至于毛利小五郎，他很可能实力十分强大只是没有表现出来，理由如下：
1、小五郎身手不凡，柔道十分厉害
2、在M9水平线上的阴谋中，他比柯南更早发现真凶
3、在M5通往天国的倒计时中，有一台可以预见10后模样的机器，小五郎硬拉柯南试，说明他很有可能已经猜到了柯南的真实身份
4、一个人不可能被麻醉破案多次而不发觉，所以有可能是他在刻意为柯南掩饰
5、像妃英理这样的人绝不可能喜欢并嫁给一个白痴一样的人
6、第十四个目标中讲到了妃英理离开小五郎的原因，未免太过牵强，更有可能是毛利与黑衣组织周旋不希望波及到爱人
7、毛利小五郎的名字是由亚瑟罗宾的作者卢布朗和江户川乱步塑造的明智小五郎得来的，由此看来，毛利在青山心目里应该是个优秀的侦探
8、小五郎约会杀人事件毛利干脆自己假装睡掉，而之前和他一起的只有柯南一人，显然意识到了柯南在做什么
9、只要只有柯南和小五郎两个人时，小五郎对柯南的态度就大转变，像是一起破案的伙伴。而每次柯南如果很认真地来和小五郎说他发现了什么，小五郎都会相信
10、TV038当中大叔曾经说过，每当我推理遇到瓶颈的时候，这个小子的一句话（当然是指柯南）总是给我很大的启示。这家伙绝对不是等闲之辈，他到底是什么来头？
11、在M10侦探们的镇魂歌中，在委托人提到特殊ID的危险性后，柯南脱口而出：“兰”，虽然声音不大，但小五郎马上问道“那兰她们的呢？”很明显，他听到了柯南的话。另外，在随后柯南联系灰原之后，小五郎问“兰呢？”，柯南只是摇了摇头，可见作为侦探的默契.（最重要的不是这一点，想想看，假设你是毛利，你家养的小孩突然管你闺女叫兰你不会觉得奇怪吗，还和他头头是道地谈起来？更奇怪的是这个小孩居然没有发现他自己喊了一声“兰”！）12、很多集，大叔被打针后都会说一些话，比如：“啊！我要开始了！”或者“啊！沉睡的小五郎出现了！”还有如“你还真狠心呢！好歹让我先喝一口吧！”又或者是“又来了，怎么这么突然呢！好歹先打声招呼啊！”所以，推理大叔极有可能知道他被麻醉甚至知道被柯南君麻醉，而且只要旁边有椅子，就一定会坐在椅子上，应该是故意的。
13、 TV609中柯南用小五郎的声音(没被打针前）后他的种种表现……大叔想到，“从另一个地方传来我的声音之后，我的脖子就会像针扎了一样”（也算经常这样吧= =;)毛利大叔也应该发现这是柯南做的了吧。（都这么多次了……= =）
14、毛利大叔对死者的亲属或关系很好的人想要不顾生命的行为拼命的阻止，而且从表情来看并不是一个糊涂的侦探该有的表情。
15、毛利大叔在柯南破案过程中给过很多表面上不以为然的提示。说起来柯南君破案基本上靠的是别人的提示找到了凶手（比如步美啊，光彦啊，元太啊，灰原什么的- -）。
16、在贝克街的亡灵里，灰原哀一副大人的样子，毛利小五郎就憋了口气，当灰原哀又装成小孩子，毛利大叔就舒了一口气，由此推断毛利小五郎应该是知道灰原的身份的，这样用大人口气说话很容易被发现，既然知道灰原的身份，那就应该知道柯南的真实身份~~
17、毛利在m9中，推理凶手的过程中，出现了一些小误差。这时柯南赶到，用蝴蝶结变声器帮助了小五郎，毛利只是懵了一下，然后就继续跟凶手纠缠了。如果是普通人，就会东张西望的，而小五郎却不这么做，说明其很有可能知道了柯南身份。而且后面一起救小兰的时候，是那么心有灵犀。
18、在tv版184集中小五郎因为不能进入案发现场，让柯南从气窗进入，一般情况下，小五郎总是阻止柯南接近案发现场，但一旦到了这种关键时刻小五郎就不会阻止他引导破案。 19、在TV548柯南脱离了大岭的控制后，小五郎对柯南说：“我们要出发了，小孩子的时间结束了。”表明大叔知道柯南真实身份。注意：小五郎说完看柯南（工藤新一）的表情。虽然只是一瞬即逝。
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* 回复内容中包含的链接未经审核，可能存在风险，暂不予完整展示！您好，我是柯南吧知道团队（百柯全说）的成员，很高兴能回答您的问题^_^
好吧，这种假结局现在还有这么多人在信。不过既然你诚心问了，那我就仔仔细细地分析一遍。
首先要说明一点，迄今为止没有一个柯南大结局的消息是真的（包括最近的2014年M 17是大结局的消息）。
不管是小学馆还是青山团队对于柯南的结局绝对是严格保密的，如果现在就传到网上哪里有意思呢？知道哀会死哀迷们还看柯南吗？而且我一位朋友在谷歌日本上查过，有些日本柯迷还说中国柯迷怎么会编出这样的结局……所以那些消息根本不是青山放出的烟雾弹，而是纯属子虚乌有的假消息！
所以作为一个资深的柯迷，我要告诉辨别假结局消息的几点忠告：1、迄今为止全球互联网上流传的任何有关柯南结局详细的消息百分之百是假的，除了那个简单的“Happy End”；2、关于青山刚昌的访谈，只要是2007年之后的，90%以上都是假的。
（最后会说明几个已经确认为真的消息）
我可以很肯定地告诉你，你所说的那篇大结局文章，完全是假的，是在网上流传的假结局。（郑重推荐《网上流传各种柯南假结局一览》此贴，尤其是3～7楼http://tieba.b***.com/f?kz=851570433）
这个“博士是坏人，毛利是超人，还有，柯南的解药，竟然是爱的力量”这个结局能流传这么广，真的是让人很无语了。当做同人文的话，这篇文还是很不错的，但如果把同人文和原著混为一谈的话，那可就大错特错了。
首先“博士是坏人”这一点，官方都已经完全否认了（会在最后进行说明）。
我可以很肯定地告诉你，你所说的那篇大结局文章，完全是假的，是在网上流传的假结局。（郑重推荐《网上流传各种柯南假结局一览》此贴，尤其是3～7楼http://tieba.b***.com/f?kz=851570433）
这个“博士是坏人，毛利是超人，还有，柯南的解药，竟然是爱的力量”这个结局能流传这么广，真的是让人很无语了。当做同人文的话，这篇文还是很不错的，但如果把同人文和原著混为一谈的话，那可就大错特错了。
首先“博士是坏人”这一点，官方都已经完全否认了（会在最后进行说明）。
所以阿笠博士绝对不可能是组织Boss。
其实每条关于阿笠是Boss的证据都能找到不小的破绽，像“‘阿笠"按中文拆成‘阿竹立"后用罗马拼音拼出来后再倒过来读，就是拉丁文中的‘莫里亚帝"”。稍微懂点日语的人都知道，“阿笠”无论用日语怎么拼，都和“莫利亚帝”扯不上任何关系。 “阿 竹 立（あ たけ たて）罗马音是“ataketate”，倒过来就是“etatekata”。而“莫利亚帝”的拉丁文是“Moriarty”（和“莫利亚帝”一词的英文相同），完全是八竿子打不着的事。
其实“阿笠”（あがさ）名字的真正来源是“阿加莎·克里斯蒂”的“阿加莎”，因为“阿笠”的罗马音“Agasa”与“阿加莎”的英文“Agatha”相近。
你可以不知道“阿加莎·克里斯蒂”是英国著名女侦探小说家、剧作家，三大推理文学宗师之一，人称“推理女王”；也可以不知道就是她创作出了著名侦探形象赫尔克里·波洛；但绝对不会不知道她的代表作——《东方快车谋杀案》《尼罗河上的惨案》《ABC谋杀案》。如果博士真的就是Boss的话，相信阿婆的粉丝也会找青山算账的吧。
仅仅这一点就已经可以推翻这个完全YY出来的谣言了，我就不必再说其他“阿笠博士Boss说”的其他反驳理由了。
再说“毛利是超人”。确实，毛利大叔一直不发现柯南秘密这很反常，他的一些举动也很奇怪，但是至今漫画原作剧情中没有明显证据表明他已经知道了柯南的身份。仔细看那些推测毛利的证据，其实很多都是无关紧要的，仅有的一些大部分出自TV原创，对待细节方面，制作组当然比不上青山。
毛利大叔最后可能会来个“大爆发”，但青山可没有这么说过。
以下是几个已经确认为真的消息
1、熟悉青山的漫迷都知道，青山绝对不会剧透任何大结局的消息。而且那些所谓对青山刚昌的采访，只要是2007年以后的，90%都是假的。
近几年唯一的绝对可信的青山专访，是今年4月青山刚昌出道25周年时所接受的采访。其中青山透露出的有关大结局的消息只有，“台词已经决定了，是‘Happy-End"”（没办法发原文网址，可以百度下“[民工汉化][青山刚昌老师专访]”，第一个结果就是）。如此的守口如瓶，可以想象这些网上所谓的“青山爆料的大结局”是多么可笑了。
2、今年1月3日，在青山的故乡鸟取县举行的“与青山刚昌老师对话”活动上，青山刚昌与400名读者互动，回答了很多粉丝们关心的问题。其中有粉丝询问“柯南还会出多少卷？”，青山刚昌老师回答说：“目前还无法确定，但是不会超过100卷。”
到目前为止《名侦探柯南》已经发售了74卷单行本，连载至805话，如果按还有25本单行本来计算的话，大概还会连载5～8年（具体年份数字不是青山本人所说，而是人们推测出来的）。这次虽然青山刚昌自己承认会不超过100本，但是小学馆是否同意还是未知数。
3、关于组织Boss，官方已经明确否认了“阿笠博士说”。此信息的来源可不是那个有“死亡名单”的“青山爆料大结局细节”（这个大结局消息同样是假的），而是2011年10月28日更新“少年Sunday”官方博客。上面刊载了一篇杂志编辑组和青山刚昌的会谈，其间有人突然问到“黑衣组织Boss是谁？”这个关键问题，青山回答的是：“可不是阿笠博士哦！（笑～）”
红框中文字的翻译是：
“‘黑衣组织的幕后首脑是谁？"
回答出人意料……！
……
‘可不是阿笠博士哦！（笑～）"”
网上假消息太多，对待必须慎之又慎啊！
一旦有真正的结局消息，像名侦探柯南事务所这样正牌柯南网站，一定会置顶的。
ardim-
柯南还没有结局咧，别相信网上的谣言，不过网上有一期说毛利是那个黑暗集团以前的老大，哎，不可信哪。。。。。。
可乐-
73说;""还没有完结的打算，但结局已画好，绝对出人意料。""所以一起拭目以待吧。但我是新兰迷，所以希望新一和兰在一起，至于其他人团圆就好。
tt白-
现在没大结局！网上那些可信度不高！就=青山。。
康康map-
毛利不是超人
余辉-
莫有大结局
陶小凡-
结局还没出来呢