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ncbi怎么用

2023-08-03 10:34:29
TAG: bi nc ncbi
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黑桃云

ncbi使用教程

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2016-11-04 19054人看过

NCBI (National Center for Biotechnology Information)是指美国国立生物技术信息中心。理解自然无声但精妙的关于生命细胞的语言是现代分子生物学的要求。通过只有四个字母来代表DNA化学亚基的字母表,出现了生命过程的语法,其最复杂形式就是人类。阐明和使用这些字母来组成新的“单词和短语”是分子生物学领域的中心焦点。数目巨大的分子数据和这些数据的隐秘而精细的模式使得计算机化的数据库和分析方法成为绝对的必须。挑战在于发现新的手段去处理这些数据的容量和复杂性,并且为研究人员提供更好的便利来获得分析和计算的工具,以便推动对我们遗传之物和其在健康和疾病中角色的理解。在生物学研究中,NCBI提供了大量的生物信息分析工具以及文献。所以学号检索方法是进入新生物学领域的必备技能。Blast工具、PubMed文献数据库等。

工具/原料

浏览器 NCBI网址

方法/步骤

1/9 分步阅读

首先进入NCBI主页。

Map view演示,主要是找到相关基因在染色体上的位置,以人类IL-6基因为例。

点击Map View

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2/9

选择物种,点击Go;

设置filter,过滤信息;

点击Genes seq查询序列

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3/9

最后进入序列下载页面,可以直接下载。可以选择多种格式,一般选择fasta。

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4/9

通过clone查询相关基因的cDNA序列

选择clone数据库,search基因描述。

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5/9

对基因的蛋白质序列和mRNA查询。

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6/9

也可对序列进行查询。基因组展示。

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7/9

也可以查询序列信息。

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8/9

查询已知引物,通过probe数据库搜索。

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9/9

同源性比对blast。有多种比对方式。DNA,RNA,Protein等比对模式,排列越高表示同源性越强。也可以进行引物比对。

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注意事项

简单演示仍需深入了解

21世纪是生物科学的世纪

软件 NCBI

编辑于2016-11-04,内容仅供参考并受版权保护

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bsci认证机构哪家好?

meira

美国国家生物技术信息中心

NCBI 一般指本词条

NCBI位于马里兰州的贝塞斯达, 建立于1988年· NCBI保管GenBank的基因测序数据和Medline的生物医学研究论文索引· 所有的这些数据库都可以通过Entrez搜索引擎在线访问·

中文名

美国国家生物技术信息中心

外文名

National Center for Biotechnology Information

简称

NCBI

建立于

1988年

单位简介

国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information, 简称NCBI) 是美国国家医学图书馆(NLM)的一部分(该图书馆是美国国家卫生研究所的一部分).

许多受尊敬的研究者在NCBI工作, 如比较基因组学领域的一位多产的科学家Eugene Koonin和BLAST序列数据库搜索算法的作者Stephen Altschul.

相关推荐

ncbi是什么数据库

NCBI是美国国家生物技术信息中心。美国国家生物技术信息中心(英文全称:National Center of Biotechnology Information),简称:NCBI,位于马里兰州的贝塞斯达,建立于1988年, 是美国国家医学图书馆(NLM)的一部分。NCBI有一个多学科的研究小组,包括计算机科学家、分子生物学家、数学家、生物化学家、实验物理学家和结构生物学家,集中于计算分子生物学的基本的和应用的研究。
2023-08-03 01:41:541

ncbi是什么数据库

NCBI是美国国家生物技术信息中心,建立于1988年。NCBI的初衷是为了给分子生物学家提供一个信息储存和处理的系统,除了建有GenBank核酸序列数据库之外,NCBI还可以提供众多功能强大的数据检索与分析工具。 NCBI是National Center for Biotechnology Information的缩写,指美国国家生物技术信息中心,建立于1988年。NCBI的初衷是为了给分子生物学家提供一个信息储存和处理的系统,除了建有GenBank核酸序列数据库(该数据库的数据资源来自全球几大DNA数据库,其中包括日本DNA数据库DDBJ、欧洲分子生物学实验室数据库EMBL以及其它几个知名科研机构)之外,NCBI还可以提供众多功能强大的数据检索与分析工具。
2023-08-03 01:42:051

ncbi的含义是

NCBI(NationalCenterforBiotechnologyInformation)是指美国国立生物技术信息中心。解自然无声但精妙的关于生命细胞的语言是现代分子生物学的要求。通过只有四个字母来代表DNA化学亚基的字母表,出现了生命过程的语法,其最复杂形式就是人类。阐明和使用这些字母来组成新的"单词和短语"是分子生物学领域的中心焦点。数目巨大的分子数据和这些数据的隐秘而精细的模式使得计算机化的数据库和分析方法成为绝对的必须。挑战在于发现新的手段去处理这些数据的容量和复杂性,并且为研究人员提供更好的便利来获得分析和计算的工具,以便推动对我们遗传之物和其在健康和疾病中角色的理解。
2023-08-03 01:42:221

ncbi怎么下载文献

在ncbi上下载文献首先要打开NCBI网站(http://www.ncbi.nlm.nih.gov),在搜索框的左边选择PubMed,输入自己想要搜索的文章名称或关键字,进行搜索便可得到想要的结果。在文章页面中,点击右上角的Full text links,或者找到Download PDF,点开后即可将文章下载另存到电脑当中。 扩展资料 在ncbi上下载文献首先要打开NCBI网站,在搜索框的左边选择PubMed,输入自己想要搜索的文章名称或关键字,进行搜索便可得到想要的.结果。在文章页面中,点击右上角的Full text links,或者找到Download PDF,点开后即可将文章下载另存到电脑当中。
2023-08-03 01:42:331

怎样使用NCBI搜索并下载基因序列

工具/材料 NCBI官网 首先,我们打开NCBI官网页面,在页面上方搜索框中,选择要下载的基因序列类别,这里我们需要选择“Nucleotide”选项。 接下来,我们就需要输入具体的名称了,这里我输入的是Kinase,代表一种酶,然后点击“search”按钮,即可出现搜索结果。 点击进入所需要的搜索结果,在页面中左侧,点击“FASTA”按钮。 在接下来打开的页面右侧,点击“Send to”选项,然后选择“File”,点击“Creat File”按钮。 最后,我们即可调用浏览器下载该基因序列文件了,选择好文件存储位置之后,点击“下载”按钮。
2023-08-03 01:42:421

怎么从NCBI上查某个基因序列?

1 打开NCBI主页2 左边search里面选择GENE 右边的对话框里输入你想要的基因名称3 在出来的所有条目第一行后面都有种属表明,比如Homo sapiens是人Felis catus是猫。选择你想要的种属。4 再出现的页面中找到那个像数轴的图,在左侧有可以点击的蓝色数字,往往开头有AK、NM的开头,点击它,再出现的下拉框里选择GENEBANK。5 最下面就是他的基因序列 当然也可以参考页面上提供的CDS区域范围来看。
2023-08-03 01:42:573

ncbi怎么下载文献

ncbi怎么下载文献:1、打开NCBI网站。2、在搜索框左边选择PubMed,在搜索框输入关键字或文章名称,进行搜索。 扩展资料 1、打开NCBI网站。2、在搜索框左边选择PubMed,在搜索框输入关键字或文章名称,进行搜索。3、选择并点开想要的文章。4、找到右上角的`Full text links,点击下面的文章来源链接。5、找到Download PDF,点开它。6、在打开的文章页面,点击鼠标右键,另存为到电脑上。
2023-08-03 01:45:351

【NCBI编号】NCBI中编号/编码说明

在日常分析中,我们在NCBI数据中常常见到AC、NC、NM、NR、NP、NG等各类编号,这类编号分别代表着怎样的含义?我们该如何根据自己的需求来选择正确的编号呢? 今天就来说一说常见的NCBI编号的意义。 1)AC_***:genomic mixed,一些可供选择的注释的基因组序列,主要用来标记病毒和原核生物; 2)AP_***:protein mixed,AC_标记序列对应的蛋白产物; 3)NC_***:genomic mixed,完整的基因组分子序列,标记的类别包括基因组、染色体、细胞器、质粒; 4)NG_***:genomic mixed,不完整的基因组区域,提供NCBI基因组注释途径。比较有代表性有不转录的假基因或者哪些很难自行化注释的基因组簇; 5)NM_***:mRNA mixed,转录组产物序列;成熟mRNA转录本序列; 6)NP_***:protein mixed,蛋白产物;主要是全长转录氨基酸序列,但也有一些只有部分蛋白质的部分氨基酸序列; 7)NR_***:RNA mixed,非编码的转录子序列,包括结构RNAs,假基因转子等; 8)NT_***:genomic automated,BAC或者鸟枪测序法的还未完全注释的测序序列; 9)NW_***:genomic automated,BAC或者鸟枪法测序的还未完全注释的测序序列; 10)NZ_ABCD1234***:genomic automated,收集的各种利用鸟枪法测序的测序计划,ABCD代表的是计划名称; 11)XM_***:mRNA automated,转录产物;mRNA来自基因组注释,序列相当于基因组重叠群; 12)XP_***:protein automated,蛋白产物;序列相当于基因组重叠群; 13)XR:RNA automated,转录产物;非编码区来自基因组注释,序列相当于基因组重叠群; 14)YP_***:protein mixed,蛋白产物;不涉及到转录组,主要用来标记细菌、病毒和线粒体; 15)ZP_***:protein automated,蛋白产物;主要是用电脑自动注释; 16)NS_***:genomic automated,未知生物分子基因组序列。
2023-08-03 01:45:441

怎么用ncbi构建不同物种的进化关系

1、打开NCBIgene数据库(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/)。将所要查询的基因名称输进去即可。选择对应物种,例如此处分析人,选择Homosapiens,选择要分析的序列,本文分析蛋白序列,点击NP链接,若要分析mRNA序列,点NM即可。2、转进来后点击FASTA后即可看到该基因的蛋白序列,通过右上方sendto发送至本地保存为fasta格式。3、然后将5个基因蛋白序列合在一个fasta格式文件。具体合并就是把文件用文本打开,然后粘贴到一起就行。注意:所有序列的方向都要保持一致。接下来我们进行序列比对,在Alignment里面有AlignmentbyClustalW和Muscle两个选项。其中ClustalWClustalW是现在用的最广和最经典的多序列比对软件,基本原理是首先做序列的两两比对,根据该两两比对计算两两距离矩阵,然后用NJ或者UPGMA方法构建Binary进化树作为guidetree。这就是用ncbi构建不同物种的进化关系的方式。
2023-08-03 01:45:521

如何查询NCBI里基因信息的所有历史版本

在NCBI里查询某个基因的信息时,我们经常能看到这样的注释: 网站会告诉你关于这个基因的信息最近的更新时间。那么我就在想,那之前的记录还可以查看吗?如果有的话,应该去哪儿查询呢? 这项技能非常的easy,NCBI官方有一个网页就是介绍如何查询sequence revision history: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/sequencerevisionhistory/ 现在举个例子: 比如上面截图里显示的基因,首先我们先要找到它的Accesion ID。点击页面右侧的RefSeq: 这时会自动跳转到该基因所有已知的isoforms,比如这个基因,就有3个isoforms(见下图),选择你想要查看的isoform,这里我就用第一个作为例子。实际上这个NM和NP开头的数字就分别是核酸和蛋白的ACCESSION,但这里要注意的是,你要使用小数点前面的内容来进行查找。比如这里,如果你想查看该基因核酸序列所有历史版本,你需要的ACCESSION ID是NM_001252313: 重点来了,现在复制这个网址(如果你要查询其他基因,把链接里的问号前ACCESSION ID改一下就行): https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NM_001252313?report=girevhist 这时页面出现: 这是该基因自从被NCBI收录以来所有的更新记录,可以看到最近的一次更新是今年的6月22日。你可以任意查看以往的记录。对于这个基因来说,一共有几十次更新记录。在页面的最下方,还会告诉你这个基因第一次被收录的时间(哇塞好巧,这日期恰好是我生日): 在这个页面里,你可以任选两个版本进行比较,比如这里我想比较最新的和3月16日更新的版本的差别,这里你可以选择比较FASTA或者选择blast,FASTA比较就是只告诉你基因序列有没有区别,但是不会显示细节: 如果你选择BLAST,再点击Compare,小窗口中会出现该两个版本里基因序列的blast比较结果: 另外如果你随便点击一个早期的历史版本,其中会告诉你这个版本的信息是什么时候更新的,并且会提示你这个记录已经有更新,还有最新版本的链接:
2023-08-03 01:46:141

在NCBI上怎么找到一个基因的外显子和内含子?

事实上,在NCBI有很多种办法可以确定某个基因的外显子或者内含子,当然还有UTR区域。今天我们来介绍NCBI的其中一个使用软件Splign来在NCBI上找到一个基因的外显子和内含子。操作步骤如下:1.在Gene数据库,填入基因名HNF-4,我一般的话习惯叫Symbol,每个基因都有个Symbol,即基因名。2.我们来mouse的HNF4基因来作为今天的例子。Symbol会随着版本的升级而变化,当然,以前使用过的基因名也会保留着。而Symbol会对应一个GeneID,无论Symbol如何改变,GeneID是唯一的。这个ID是非常重要的。在这个页面,我们将看到HNF4基因的结构图,从图中给出的信息可以看出,HNF4基因有10个外显子。蓝色部分是UTR区,显示在5"端有一小段序列和3"端有一大段序列是UTR。3.在HNF-4基因的RefSeq区域,我们将可以看到这个基因的参考序列,有mRNA和基因组的。这个区域不一定每个基因都有。NM_开头的序列都是参考序列。4.接下来我们进入Splign的online界面,你可以通过mRNA和基因组的Accession或是它们Fasta格式的序列进行对比,要注意基因组的序列不要太长。推荐直接在下拉框选项里选择,一般常用的生物都在。5.结果一目了然,10个外显子,而且还显示mRNA以及对应的基因组比对的序列,并且还可以知道某个外显子在mRNA序列上的区域。就连UTR区的序列也知道了。
2023-08-03 01:46:351

NCBI保守结构域怎么分析

使用CD-Search工具来可以鉴定蛋白质或者核酸序列内的保守结构域或功能单位。该工具位于NCBI中。具体可以进入NCBI后选择Conserved Domain然后点击Search。搜索结果中有四种类型的匹配:特定匹配(specific hits),非特定匹配(non-specific hits),这些匹配所属的超家族(superfamily),以及多结构域(multi-domains)。保守特征/位点的氨基酸用小三角形标识,这些位点可能为催化位点或者结合位点等。如果CD-Search发现特定匹配,则查询序列与命中的保守结构域之间的关联具有高置信度,进推断查询序列的功能也是高可信的。其他类型的匹配也可以揭示查询蛋白的假定功能,其可信度由E值来评价。扩展资料特征保守结构域是指在生物进化或者一个蛋白家族中具有不变或相同的结构域。保守结构域具有重要的功能,不能被改变,是基因的核心。结构域是介于二级和三级结构之间的一种结构层次,是蛋白质三级结构的基本结构单位。所谓结构域是指蛋白质中由不同二级结构和超二级结构组合而成的独立的稳定结构区域。结构域也是蛋白质功能单元。在多结构域蛋白质中,不同的结构域常常与不同的功能相联系。
2023-08-03 01:47:101

如何利用NCBI查询蛋白质等电点

NCBI无法查询蛋白质等电点,可以到swissprot查询。这个NCBI没有相关的功能,这个是以核苷酸序列为主。因为等电点特性是蛋白质水平的分子特性,可以到swissprot进行查询,查询蛋白质等电点需要到专业的平台进行查询。另外NCBI开发有Genbank等公共数据库,提供Pubmed、BLAST、Entrez、OMIM、Taxonomy等工具,可对国际分子数据库和生物医学文献进行检索和分析。扩展资料:NCBI开发用于分析基因组数据和传播生物医学信息的软件工具。NCBI支持与推广多种医学及科技方面的数据库,如:三维蛋白质结构的分子模型数据库(MMDB)、孟德尔人类遗传(OMIM)等。另外使用CD-Search工具来可以鉴定蛋白质或者核酸序列内的保守结构域或功能单位。该工具位于NCBI中。可以进入NCBI后选择ConservedDomain中的Search。除此之外这个网站Search的黄色部分其中CD-search只能提交单条序列,BatchCD-Search可以上传多条序列,里面收录的数据范围是比较广的,可以利用NCBI进行检索。
2023-08-03 01:47:281

ncbi网址中的缩写代表什么

美国生物技术信息中心NCBI位于马里兰州的贝塞斯达,建立于1988年NCBI保管GenBank的基因测序数据和Medline的生物医学研究论文索引所有的这些数据库都可以通过Entrez搜索引擎在线访问。国家生物技术信息中心(NationalCenterforBiotechnologyInformation,简称NCBI)是美国国家医学图书馆(NLM)的一部分(该图书馆是美国国家卫生研究所的一部分)。
2023-08-03 01:47:431

ncbi数据库怎么查找基因序列

在NCBI主页上方search栏左边有一个database选择框,点击下拉三角形选择nucleotide(如图红框)在search栏输入基因名搜索即可.以人的orc1基因为例,在搜索结果中选择mRNA和completecds序列的结果都可以,如下点击进入序...
2023-08-03 01:47:531

如何利用NCBI数据库进行基因多态性分析

在NCBI 上查找基因,挺多人都在问这个。当然,对于经常泡NCBI 的人来说,查找基因是入门的、基础的,对高手来讲根本不是个问题。但新手就不同了。当然了,直到现在,虽说已经会了一些,但在NCBI 查找基因,虽说是基础但也是挺复杂的今天要讲的。今天用“苯丙氨酸解氨酶(Phenylalanine ammonia-lyase,PAL)”来作为例子,物种是豆科的。1,打开NCBI,选择核苷酸(Nucleotide)数据库,填上Phenylalanine ammonia-lyase,点击GO,搜索2,我们来看结果,总共有1022 个,结果太多了,有时候刚好你要的结果在第一页的话,那就好办。不是的话,你慢慢的找,实在不是办法。特别是网络不好时,上NCBI 又很慢,的确是一种折磨。3,这个时候我们可以再想办法缩少范围,比方你要找的是豆科的,我们来大豆(soybean)来作例子。在搜索时加上soybean,结果将会大大减少。4,这时候结果已经一目了然,这里需要再介绍另外一种搜索的方法。这种方法是比较精确的。首先在taxonomy 数据库查到soybean 的 taxonomy ID,再回到Nucleotide 数据库,搜索” Phenylalanine ammonia-lyase txid3847 “,txid 是taxonomy ID 是缩写,3847 是大豆soybean 的taxonomy ID。这样子,将搜索范围锁定在大豆。5,看下图,出来的结果都是大豆的,这时基本上就大功告成了。找到了大豆苯丙氨酸解氨酶的序列6,进入序列页面,默认是GenBank 格式,你也可以选择Fasta 格式,一般都是保存为Fasta格式。
2023-08-03 01:48:031

如何在ncbi中查找蛋白质序列

你进入protein的entrez,用蛋白质accessionnumber查找到蛋白质之后会给你连接的,每个蛋白质不一样如果没有nc号,就用blast搜索,使用tblastn工具,最前面的一个就是相应的dna顺便给你一个另外的答案参考下
2023-08-03 01:48:111

怎么用ncbi数据库查找基因序列编号

GI编号是NCBI网站的所有序列相关数据库的流水编号,其最有用的特征就是唯一性.对于每一条递交给NCBI的序列,都会付给一个编号,而且这个编号对应的序列不可更改.这个编号对应这个唯一的一条序列,类似与我们用的身份证号.因此,利用GI在NCBI中查询时,你只要把数据库(蛋白质/核苷酸)选对,只要输入这个号码就可以把相应的序列调出来.值得一提的是登录号(Accession Number).每一个递交的序列,除了获得一个GI号,还会被赋予一个登录号.递交序列的作者利用登录号对序列进行修改和完善.每一次修改的序列会获得一个新的GI号,登录号不变,但会追加一个流水的版本号.因此,GI号和带版本号的登录号都唯一定位到唯一条序列.
2023-08-03 01:48:181

在NCBI上怎么查特定物种的某一酶的蛋白质序列

直接在NCBI主页输入你要找的基因的名字,比如S1PR1,然后搜索,找到下面的内容:Genes90Gene:collectedinformationaboutgeneloci1HomoloGene:homologousgenesetsforselectedorganisms12UniGene:clustersofexpressedtranscripts点90进去,里面是NCBI上这个基因在不同物种中的所有序列,找到是链霉菌这个物种就ok,我如果找人的话,就应该是:S1PR1–sphingosine-1-phosphatereceptor1[Homosapiens(human)]然后再点进去GenomicNG_016181.1RefSeqGeneRange5001..9772DownloadGenBank,FASTA,SequenceViewer(Graphics)mRNAandProtein(s)NM_001400.4→NP_001391.2sphingosine1-phosphatereceptor1SeeproteinsidenticaltoNP_001391.2Status:REVIEWEDpfam00001Location:68–311BlastScore:3677tm_1;7transmembranereceptor(rhodopsinfamily)Sourcesequence(s)BC018650,CR977007,DB132417,DB572979ConsensusCDSCCDS777.1UniProtKB/Swiss-ProtP21453RelatedENSP00000305416,OTTHUMP00000012525,ENST00000305352,OTTHUMT00000029908ConservedDomains(1)summaryGenBank和FASTA可以查看它在基因组上的序列NM_001400.4和NP_001391.2分别是其mRNA序列和蛋白质序列祝好!
2023-08-03 01:48:401

如何使用 NCBI 查找基因序列,mRNA,Promoter

1、在NCBI上查找基因的mRNA序列。2、Messenger RNA (mRNA)——信使核糖核酸信使核糖核酸携带遗传信息,在蛋白质合成时充当模板的RNA。信使RNA从脱氧核糖核酸(DNA)转录合成的带有遗传信息的一类单链核糖核酸(RNA)。它在核糖体上作为蛋白质合成的模板,决定肽链的氨基酸排列顺序。mRNA存在于原核生物和真核生物的细胞质及真核细胞的某些细胞器(如线粒体和叶绿体)中。
2023-08-03 01:48:491

如何向NCBI提交序列

许多期刊在文章发表之前需要在文章中有序列的登录号,并且要求你在文章发表时,序列可以被读者索取。ncbi的genbank提供了两个投递方式:1、在线投递-bankit,特点是比较方便。2、本地投递文件生成程序——sequin。目前ncbiseqin有mac,pc和unix不同版本。其输出文件需要你通过电子邮件发给ncbi.另外,上面所述一般适用于研究单个或多个功能基因的情况。如果大规模的测序如est、sts和gss序列分别有专门的投递途径。另外,提醒你的两个问题:1、对你所投序列所属物种分类(拉丁名)要有所了解,这通常是出错的地方(seqin)2、在你投递序列到发表文章之间,要注意ncbi发给你的电子邮件,它会询问你在什么时间将序列公布。具体细节你可以浏览参考资料所指连接。
2023-08-03 01:48:561

如何从ncbi上下载database

因此NCBI 的分类学数据库不是一个系统发育或分类学的“专家数据库”(Wheeler et al., 2000)。 获取序列所对应的分类学信息有两种方法。 一种方法,从NCBI 网站下载gi与taxid 对应表,在Taxonomy 数据库的FTP 地址下载。这个目录下有多个压缩文件,其中针对Windows 操作系统的两个针对蛋白质序列和核苷酸序列的压缩文件分别是gi_taxid_prot.dmp.gz 和gi_taxid_nucl.dmp.gz 文件。这两个文件都只有两列,左边为gi 号,右边为Taxid。由于这些文件非常大,因此用浏览器来打开这些文件几乎是不可能的。随着时间的推移,这两个文件会越来越大,不过速度不会是指数增长的,并且在美国东部时间的每个星期一2:00 am NCBI 会对其进行更新。 对于Windows 用户还有一个文件称为taxdump.zip 文件。文件解压缩后包括1 个*.prt 文件和6 个*.dmp 文件。Gencode.dmp 文件保存有不同的密码子表,与同目录的gc.prt 联合使用;merged.dmp 是保存有合并的taxid 号的对应表;nodes.dmp 是结点信息;division.dmp 是较大的几个分类;names.dmp 结点名称信息,每个id 对应多行。这些数据被Phylogenie 软件包中的blammer 程序用于构建进化树。 利用ftp 地址的连接利用Http 或ftp 方式将文件下载到本地,通过本地程序或脚本搜索文本,来建立gi 号与Taxid 之间的联系(图)。这种方法比较适合于在线服务的Web 形式的程序,通过在本地不断地及时更新程序就可以完成这项工作。 第二种方法是对Taxonomy 数据库进行API 分析。
2023-08-03 01:49:041

如何使用NCBI查找基因

1 打开NCBI主页2 左边search里面选择GENE 右边的对话框里输入你想要的基因名称3 在出来的所有条目第一行后面都有种属表明,比如Homo sapiens是人Felis catus是猫。选择你想要的种属。4 再出现的页面中找到那个像数轴的图,在左侧有可以点击的蓝色数字,往往开头有AK、NM的开头,点击它,再出现的下拉框里选择GENEBANK。5 最下面就是他的基因序列 当然也可以参考页面上提供的CDS区域范围来看。
2023-08-03 01:49:141

PubChem与NCBI是什么关系

NCBI:美国国立生物技术信息中心,网址:http://baike.baidu.com/view/198783.htmPubChem:分子数据库,网址:http://baike.baidu.com/view/2188928.html两者之间应该没有过多的联系。
2023-08-03 01:49:242

如何用gi编号在NCBI中查找序列

中文NCBI, 查找序列http://www.liucheng.name/entrez/
2023-08-03 01:49:332

如何在NCBI中进行基因序列比对,比如小鼠p53基因与人类p53基因的比对

blast比对,不过你最好找专业的软件比较比较好,比如DNAman,omiga等等
2023-08-03 01:49:432

NCBI中各个标注的含义

1)AC_***:genomic mixed,一些可供选择的注释的基因组序列,主要用来标记病毒和原核生物; 2)AP_***:protein mixed,AC_标记序列对应的蛋白产物; 3)NC_***:genomic mixed,完整的基因组分子序列,标记的类别包括基因组、染色体、细胞器、质粒; 4)NG_***:genomic mixed,不完整的基因组区域,提供NCBI基因组注释途径。比较有代表性有不转录的假基因或者哪些很难自行化注释的基因组簇; 5)NM_***:mRNA mixed,转录组产物序列;成熟mRNA转录本序列; 6)NP_***:protein mixed,蛋白产物;主要是全长转录氨基酸序列,但也有一些只有部分蛋白质的部分氨基酸序列; 7)NR_***:RNA mixed,非编码的转录子序列,包括结构RNAs,假基因转子等; 8)NT_***:genomic automated,BAC或者鸟枪测序法的还未完全注释的测序序列; 9)NW_***:genomic automated,BAC或者鸟枪法测序的还未完全注释的测序序列; 10)NZ_ABCD1234***:genomic automated,收集的各种利用鸟枪法测序的测序计划,ABCD代表的是计划名称; 11)XM_***:mRNA automated,转录产物;mRNA来自基因组注释,序列相当于基因组重叠群; 12)XP_***:protein automated,蛋白产物;序列相当于基因组重叠群; 13)XR:RNA automated,转录产物;非编码区来自基因组注释,序列相当于基因组重叠群; 14)YP_***:protein mixed,蛋白产物;不涉及到转录组,主要用来标记细菌、病毒和线粒体; 15)ZP_***:protein automated,蛋白产物;主要是用电脑自动注释; 16)NS_***:genomic automated,未知生物分子基因组序列。
2023-08-03 01:49:511

如何用NCBI查询一种蛋白质的分子量

首先进ncbi的主页,主页半年前改版了现在更人性化。在搜索框(很大的那个)里面输入要搜索的内容,比如你的‘E.Coli BL21 DNA Ligase ",搜索框上面有个search选项,下拉菜单选择“protein”,点search,搜索会返回一个结果,就是你那个蛋白的信息了。Chain A, Last Stop On The Road To Repair: Structure Of E.Coli Dna Ligase Bound To Nicked Dna-Adenylate信息全在下面,最后那个是蛋白质序列,相对分子量就可以用别的计算方法算出来了。如果这个蛋白有人做了晶体结构,会在右边显示,很方便。
2023-08-03 01:50:243

如何知道NCBI中某基因组的发表时间(或测序时间)

一般上面的时间是序列提交到NCBI上面的时间比如你搜索Escherichia coli吧在genomes里面会出现:1 Genome: genome sequencing projects by organism点1进去,出现:Reference genomes: [see all organisms] Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 Escherichia coli O157:H7 str. Sakai Escherichia coli IAI39 Escherichia coli UMN026 Escherichia coli O83:H1 str. NRG 857C Escherichia coli O104:H4 str. 2011C-3493点开第一个,找到RefSeq下面的NC_000913.2:Type Name RefSeq INSDC Size (Mb) GC% Protein rRNA tRNA Other RNA Gene PseudogeneChr - NC_000913.2 U00096.2 4.64 50.8 4,145 22 89 65 4,497 181 再进去,找到COMMENT,里面一般会说是什么时候提交的,如下:COMMENT REVIEWED REFSEQ: This record has been curated by NCBI staff. The reference sequence is identical to U00096. On Jun 24, 2004 this sequence version replaced gi:16127994.
2023-08-03 01:50:591

怎样在NCBI上查找基因的cDNA序列

NCBI里选择gene,输入基因名称或代码在列表中选择你的基因点击genbank **************************************************************如果你对这个答案有什么疑问,请追问,另外如果你觉得我的回答对你有所帮助,请千万别忘记采纳哟!***************************************************************
2023-08-03 01:51:102

如何利用NCBI查询蛋白质等电点

据我所知ncbi没有相关的功能,毕竟其是以核苷酸序列为主。因为等电点特性是蛋白质水平的分子特性,你可以到swissprot网站,那里有许多相关的服务。例如,计算PI你可以用 Compute pI/Mw tool(http://ca.expasy.org/tools/pi_tool.html)。在下面的连接你可以找到更多。你可以自己比较一下,择优使用。
2023-08-03 01:52:042

有人在NCBI上上传过含有几个不同基因的序列吗

在NCBI主页上方search栏左边有一个database选择框,点击下拉三角形选择nucleotide(如图红框)在search栏输入基因名搜索即可。 以人的orc1基因为例, 在搜索结果中选择mRNA和complete cds序列的结果都可以,如下 点击进入序列文件查看详情,以...首先打开NCBI网站首页,然后在search一栏中选择nucleotide,在框中输入你要的基因序列名称,点击search就行.然后会出来很多结果,因为很多基因是同名的,或是一个基因在不同种属中不一样,寻找你要的基因序列就行了.注意的是,要确定你的基因名称是否是统一的,我以前就是找一个基因费了很多事,之后发现是自己没有用通用的.找到基因序列,蛋白序列就很容易了,因为结果中会显示该基因的蛋白序列.你也可以在开始search的时候选protein,找到的就是蛋白序列了.多尝试就好了,其实很简单,英文不错的话,更简单.要有耐心.
2023-08-03 01:52:221

美国国家生物技术信息中心(NCBI)的主要工作是什么?

(NCBI维护的数据库)NCBI的主要工作是在分子水平上应用数学和计算机科学的方法研究基础生物,医学问题。为科学界开发,维护和分享一系列的生物信息数据库;开发和促进生物信息学数据库,数据的储存,交换以及生物学命名规则的标准化。
2023-08-03 01:52:311

ncbi现在不能申请注册账户了吗?

如下:1、试了先登入orcid,然后点ncbi下面的注册账号链接,就能看到orcid的图标,点链接就自动转入注册账号了。ORCID账号注册起来都很方便。只需要有个邮箱就可以注册,而且注册完成后在日后投稿时也能用上,目前很多期刊都要求作者关联自己的 ORCID 账号,现在注册也算未雨绸缪。2、或者Microsoft账号注册,只要买过新电脑的(苹果电脑不算哈),应该都注册过,就是你的 Outlook 邮箱,直接用它登陆就好啦!注意从NCBI的主页进去,右上角就有一个sign up to NCBI。从NCBI注册,别从PUBMED进去你先进NCBI主页,之后点一下MY NCBI,在Use name处填写你自己想取的用户名(相当于网名,在其下方输入密码(自己设定),然后点一下SIGN IN即可。ncbi注册账户的用处:NCBI的初衷是为了给分子生物学家提供一个信息储存和处理的系统。除了建有GenBank核酸序列数据库(该数据库的数据资源来自全球几大DNA数据库,其中包括日本DNA数据库DDBJ、欧洲分子生物学实验室数据库EMBL以及其它几个知名科研机构)之外,NCBI还可以提供众多功能强大的数据检索与分析工具。
2023-08-03 01:52:381

NCBI详细资料大全

NCBI (National Center for Biotechnology Information)是指美国国立生物技术信息中心。理解自然无声但精妙的关于生命细胞的语言是现代分子生物学的要求。通过只有四个字母来代表DNA化学亚基的字母表,出现了生命过程的语法,其最复杂形式就是人类。阐明和使用这些字母来组成新的“单词和短语”是分子生物学领域的中心焦点。数目巨大的分子数据和这些数据的隐秘而精细的模式使得计算机化的资料库和分析方法成为绝对的必须。挑战在于发现新的手段去处理这些数据的容量和复杂性,并且为研究人员提供更好的便利来获得分析和计算的工具,以便推动对我们遗传之物和其在健康和疾病中角色的理解。 基本介绍 中文名 :美国国立生物技术信息中心 外文名 :National Center for Biotechnology Information 简称 :NCBI 成立时间 :1988年11月4日 成立者 :美国国立医学图书馆 所属国家 :美国 中心建设,基本研究,教育和训练,资料库和软体, 中心建设 后来的参议员Claude Pepper意识到信息计算机化过程方法对指导生物医学研究的重要性,发起了在1988年11月4日建立国立生物技术信息中心(NCBI)的立法。NCBI是在NIH的国立医学图书馆(NLM)的一个分支。NLM是因为它在创立和维护生物信息学资料库方面的经验被选择的,而且这可以建立一个内部的关于计算分子生物学的研究计画。NCBI的任务是发展新的信息学技术来帮助对那些控制健康和疾病的基本分子和遗传过程的理解。 基本研究 它的使命包括四项任务: 建立关于分子生物学,生物化学,和遗传学知识的存储和分析的自动系统 实行关于用于分析生物学重要分子和复合物的结构和功能的基于计算机的信息处理的,先进方法的研究 加速生物技术研究者和医药治疗人员对资料库和软体的使用。 全世界范围内的生物技术信息收集的合作努力。 NCBI通过下面的计画来实现它的四项目的: NCBI有一个多学科的研究小组包括计算机科学家,分子生物学家,数学家,生物化学家,实验物理学家,和结构生物学家,集中于计算分子生物学的基本的和套用的研究。这些研究者不仅仅在基础科学上做出重要贡献,而且往往成为套用研究活动产生新方法的源泉。他们一起用数学和计算的方法研究在分子水平上的基本的生物医学问题。这些问题包括基因的组织,序列的分析,和结构的预测。目前研究计画的一些代表是:检测和分析基因组织,重复序列形式,蛋白domain和结构单元,建立人类基因组的基因图谱,HIV感染的动力学数学模型,资料库搜寻中的序列错误影响的分析,开发新的资料库搜寻和多重序列对齐算法,建立非冗余序列资料库,序列相似性的统计显著性评估的数学模型和文本检索的矢量模型。另外,NCBI研究者还坚持推动与NIH内部其他研究所及许多科学院和政府的研究实验室的合作。 教育和训练 NCBI通过赞助会议,研讨会,和系列演讲来培养在套用于分子生物学和遗传学的计算机领域的科学交流。一个科学访问学者项目已经成立,来培养同外部科学家的合作。作为NIH内部的部分研究项目,也提供博士后工作位置。 美国国立医学图书馆(NLM)于1988年11月4日建立国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information,简称NCBI)。该中心的主要任务为: 为储存和分析分子生物学、生物化学、遗传学知识创建自动化系统;从事研究基于计算机的信息处理过程的高级方法,用于分析生物学上重要的分子和化合物的结构与功能;促进生物学研究人员和医护人员套用资料库和软体; 努力协作以获取世界范围内的生物技术信息。 资料库和软体 简介 在1992年10月,NCBI承担起对GenBank DNA序列资料库的责任。NCBI受过分子生物学高级训练的工作人员通过来自各个实验室递交的序列和同国际核酸序列资料库(EMBL和DDBJ)交换数据建立起资料库。同美国专利和商标局的安排使得专利的序列信息也被整合。 GenBank是NIH遗传序列资料库,一个所有可以公开获得的DNA序列的注释过的收集。GenBank同日本和欧洲分子生物学实验室的DNA资料库共同构成了国际核酸序列资料库合作。这三个组织每天交换数据。 GenBank以指数形式增长,核酸碱基数目大概每14个月就翻一个倍。最近,GenBank拥有来自47,000个物种的30亿个碱基。 孟德尔人类遗传(OMIM),三维蛋白质结构的分子模型资料库(MMDB),唯一人类基因序列集合(UniGene),人类基因组基因图谱,分类学浏览器,同国立癌症研究所合作的癌症基因组剖析计画(CGAP)。 Entrez是NCBI的为用户提供整合的访问序列,定位,分类,和结构数据的搜寻和检索系统。Entrez同时也提供序列和染色体图谱的图形视图。Entrez是一个用以整合NCBI资料库中信息的搜寻和检索工具。这些资料库包括核酸序列,蛋白序列,大分子结构,全基因组,和通过PubMed检索的MEDLINE。Entrez的一个强大和独特的特点是检索相关的序列,结构,和参考文献的能力。杂志文献通过PubMed获得,PubMed是一个网路搜寻界面,可以提供对在MEDLINE上的九百万杂志引用的访问,包含了连结到参与的出版商网路站点的全文文章。 BLAST是一个NCBI开发的序列相似搜寻程式,还可作为鉴别基因和遗传特点的手段。BLAST能够在小于15秒的时间内对整个DNA资料库执行序列搜寻。NCBI提供的附加的软体工具有:开放阅读框寻觅器(ORF Finder),电子PCR,和序列提交工具,Sequin和BankIt。所有的NCBI资料库和软体工具可以从或FTP来获得。NCBI还有E-mail伺服器,提供用文本搜寻或序列相似搜寻访问资料库一种可选方法。 NCBI首先创建GenBank资料库,在重点开发GenBank的同时,又于1991年开发了Entrez 资料库检索系统。该系统整合了GenBank、EMBL、PIR和SWISS-PROT等资料库的序列信息以及MEDLINE有关序列的文献信息,并通过相关连结,将他们有机地结合在一起。NCBI还提供了其它资料库,包括线上人类孟德尔遗传(OMIM)、三维蛋白结构的分子模型资料库(MMDB)、人类基因序列集成(UniGene)、人类基因组基因图谱(GMHG)、生物门类(Taxonomy) 等资料库。 NCBI资料库介绍 下面按照检索框上的顺序分别介绍各资料库。 Nucleotide 该资料库由国际核苷酸序列资料库成员美国国立卫生研究院GenBank、日本DNA资料库(DDBJ)和英国Hinxton Hall的欧洲分子生物学实验室资料库(EMBL)三部分数据组成。这三个组织联合组成国际核苷酸序列资料库协作体,每天交换各自资料库中的新增序列记录实现数据共享。其中的序列数据也通过与基因组序列资料库(GSDB)合作获取;专利序列数据通过与美国专利与商标局、国际专利局合作获取。 Genome 即基因组资料库,提供了多种基因组、完全染色体、Contiged序列图谱以及一体化基因物理图谱。 Structures 即结构资料库或称分子模型资料库(MMDB),包含来自X线晶体学和三维结构的实验数据。MMDB的数据从PDB(Protein Data Bank)获得。NCBI已经将结构数据交叉连结到书目信息、序列资料库和NCBI的Taxonomy中运用NCBI的3D结构浏览器和Cn3D,可以很容易地从Entrez获得分子的分子结构间相互作用的图像。 Taxonomy 即生物学门类资料库,可以按生物学门类进行检索或浏览其核苷酸序列、蛋白质序列、结构等。 PopSet 包含研究一个人群、一个种系发生或描述人群变化的一组组联合序列。PopSet既包含核酸序列数据又包含蛋白质序列数据。 Entrez 功能强大,在于它的大多数记录可相互连结,既可在同一资料库内连结,也可在资料库之间进行连结。当运用BLAST软体比较某胺基酸或DNA序列与库中其他胺基酸或DNA序列差异即进行相似性检索时,则会涉及到蛋白质库或核苷酸库的库内连结。库间连结发生在核苷酸资料库内的记录与PubMed库中已发表序列的引文间的连结,或蛋白质序列记录与核苷酸序列库中编码它的核苷酸序列间的连结。 NCBI资料库检索 NCBI资料库的检索方法很简单,在检索框中输入检索词,检索词间默认逻辑关系为AND,检索规则基本同PubMed。 可以通过下拉选单选择记录的显示格式,通常选择GenBank Report格式或FASTA Report格式。当选择GenBank Report格式后,萤幕显示较完整的基因记录,其内容包括:基因位点(Locus)、基因定义(Definition)、基因存取号(Aession)、 核酸编号(NID )、关键字(Keywords)、 来源(Source)、组织分类(Organism)、参考文献(Reference)、 著者(Author)、题目(Title)、期刊Journal)、Medline存取号(Medline)、序列特征(Features)、基因(Gene)、CDS(cDNA)、等位基因(Allele) 对等的肽(Mat-Peptide )、计算碱基数(Base Count)、原序列(Origin)。而FASTA Report格式仅包括检出序列的简要特征描述。 ● OMIM 孟德尔遗传学(OMIM)资料库是人类基因和基因疾病的目录资料库。该资料库包括原文信息、图片和参考信息,同时还可以连结到Entrez系统MEDLINE资料库中相关文献和序列信息。 BLAST相似性检索 BLAST(Basic Local Alignment Search Tool)是用于序列相似性检索的一个重要资料库,是区分基因和基因特征的工具。该软体能在15秒内完成整个DNA资料库的序列检索。BLAST记录的相关度有明确的统计学解释,以便更容易地将相关记录与随机的资料库记录相区分。在NCBI主页的左工具条中,点击BLAST图示,即进入BLAST主页。 BLAST 主页提供了几种BLAST检索软体。其中BLAST2.0是一种新的BLAST检索工具,它在原有基础上作了改进,运行速度更快,灵敏度更高,同时具有Gapped BLAST 和PSI-BLAST两种软体的新功能。Gapped BLAST 允许在对准的序列中引入空位(碱基缺失或插入),引入空位(Gaps)意味着在比较两个相关序列时不会出现中断(Break)现象。这些空位对准的记分系统更能反映相关序列的类似程度。PSI-BLAST的全称是Position-Specific Iterated BALST,即特殊位置重复BLAST,它提供了自动、易用的概貌(Profile)检索,是查找序列同源的有效工具。
2023-08-03 01:53:081

ncbi是什么数据库

NCBI是National Center for Biotechnology Information的缩写,指美国国家生物技术信息中心,建立于1988年。NCBI的初衷是为了给分子生物学家提供一个信息储存和处理的系统,除了建有GenBank核酸序列数据库(该数据库的数据资源来自全球几大DNA数据库,其中包括日本DNA数据库DDBJ、欧洲分子生物学实验室数据库EMBL以及其它几个知名科研机构)之外,NCBI还可以提供众多功能强大的数据检索与分析工具。
2023-08-03 01:53:181

ncbi是什么数据库

  NCBI是National Center for Biotechnology Information的缩写,指美国国家生物技术信息中心,建立于1988年。NCBI的初衷是为了给分子生物学家提供一个信息储存和处理的系统,除了建有GenBank核酸序列数据库(该数据库的数据资源来自全球几大DNA数据库,其中包括日本DNA数据库DDBJ、欧洲分子生物学实验室数据库EMBL以及其它几个知名科研机构)之外,NCBI还可以提供众多功能强大的数据检索与分析工具。
2023-08-03 01:53:271

怎么从NCBI上查某个基因序列?

1、打开NCBI百度搜索键入“NCBI”,点击“搜索”,第一个就是官方主页,点击打开。2、关键字查找以H9亚型流感病毒HA基因下载为例,说明详细过程。既然要下载基因序列,需要在栏目内找到“Nucleotide”(核苷酸),搜索栏内填入“AvianinfluenzavirusH9HA”,点击“search”。3、添加限定词点击搜索后,我们看到页面中间显示了很多关于“AvianinfluenzavirusH9HA”的基因序列,如果其中的一个符合你的要求,就可以下载。如何不符合的要求,可以继续在搜索条内添加限定,比如添加“2010”,即2010年分离到的病毒。3、序列选定找到目标基因序列后,我们要将其下载下来。以给出第一个序列为例,点击序列前面的“小方格”,将其选定。4、下载序列选定后,点击页面右上角的“Sendto”,选择“file”,再将format选择为“FASTA”格式,点击“Createfile”,将序列下载到自定的文件夹内。5、用DNAStar打开下载的序列为FASTA格式,需要使用相关的软件打开,小编经常使用的是DNAStar中的Editseq,这个功能还是很强大的。
2023-08-03 01:53:361

如何使用NCBI的基因库

1 打开NCBI主页2 左边search里面选择GENE 右边的对话框里输入你想要的基因名称3 在出来的所有条目第一行后面都有种属表明,比如Homo sapiens是人Felis catus是猫。选择你想要的种属。4 再出现的页面中找到那个像数轴的图,在左侧有可以点击的蓝色数字,往往开头有AK、NM的开头,点击它,再出现的下拉框里选择GENEBANK。5 最下面就是他的基因序列 当然也可以参考页面上提供的CDS区域范围来看。
2023-08-03 01:53:521

NCBI如何看基因的外显子和内含子

事实上,在NCBI有很多种办法可以确定某个基因的外显子或者内含子,当然还有UTR区域。今天我们来介绍NCBI的其中一个使用软件Splign来在NCBI上找到一个基因的外显子和内含子。操作步骤如下:1.在Gene数据库,填入基因名HNF-4,我一般的话习惯叫Symbol,每个基因都有个Symbol,即基因名。2.我们来mouse的HNF4基因来作为今天的例子。Symbol会随着版本的升级而变化,当然,以前使用过的基因名也会保留着。而Symbol会对应一个GeneID,无论Symbol如何改变,GeneID是唯一的。这个ID是非常重要的。在这个页面,我们将看到HNF4基因的结构图,从图中给出的信息可以看出,HNF4基因有10个外显子。蓝色部分是UTR区,显示在5"端有一小段序列和3"端有一大段序列是UTR。3.在HNF-4基因的RefSeq区域,我们将可以看到这个基因的参考序列,有mRNA和基因组的。这个区域不一定每个基因都有。NM_开头的序列都是参考序列。4.接下来我们进入Splign的online界面,你可以通过mRNA和基因组的Accession或是它们Fasta格式的序列进行对比,要注意基因组的序列不要太长。推荐直接在下拉框选项里选择,一般常用的生物都在。5.结果一目了然,10个外显子,而且还显示mRNA以及对应的基因组比对的序列,并且还可以知道某个外显子在mRNA序列上的区域。就连UTR区的序列也知道了。
2023-08-03 01:53:591

怎样使用NCBI搜索并下载基因序列

工具/材料 NCBI官网 01 首先,我们打开NCBI官网页面,在页面上方搜索框中,选择要下载的基因序列类别,这里我们需要选择“Nucleotide”选项。 02 接下来,我们就需要输入具体的名称了,这里我输入的是Kinase,代表一种酶,然后点击“search”按钮,即可出现搜索结果。 03 点击进入所需要的搜索结果,在页面中左侧,点击“FASTA”按钮。 04 在接下来打开的页面右侧,点击“Send to”选项,然后选择“File”,点击“Creat File”按钮。 05 最后,我们即可调用浏览器下载该基因序列文件了,选择好文件存储位置之后,点击“下载”按钮。
2023-08-03 01:54:301

如何使用ncbi找到直系同源序列

打开NCBI百度搜索键入“NCBI”,点击“搜索”,第一个就是官方主页,点击打开。关键字查找以H9亚型流感病毒HA基因下载为例,说明详细过程。既然要下载基因序列,需要在栏目内找到“Nucleotide”,搜索栏内填入“Avian influenza virus H9 HA”,点击“search”。添加限定词点击搜索后,我们看到页面中间显示了很多关于“Avian influenza virus H9 HA”的基因序列,如果其中的一个符合你的要求,就可以下载。如何不符合你的要求,可以继续在搜索条内添加限定,比如添加“2010”,即2010年分离到的病毒。序列选定找到目标基因序列后,我们要将其下载下来。以给出第一个序列为例,点击序列前面的“小方格”,将其选定。下载序列选定后,点击页面右上角的“Send to”,选择“file”,再将format选择为“FASTA”格式,点击“Create file”,将序列下载到自定的文件夹内。用DNAStar打开下载的序列为FASTA格式,需要使用相关的软件打开,小编经常使用的是DNAStar中的Editseq,这个功能还是很强大的。
2023-08-03 01:54:401

在NCBI上怎么找到一个基因的外显子和内含子?

事实上,在NCBI有很多种办法可以确定某个基因的外显子或者内含子,当然还有UTR区域。今天我们来介绍NCBI的其中一个使用软件Splign来在NCBI上找到一个基因的外显子和内含子。操作步骤如下:1.在Gene数据库,填入基因名HNF-4,我一般的话习惯叫Symbol,每个基因都有个Symbol,即基因名。2.我们来mouse的HNF4基因来作为今天的例子。Symbol会随着版本的升级而变化,当然,以前使用过的基因名也会保留着。而Symbol会对应一个GeneID,无论Symbol如何改变,GeneID是唯一的。这个ID是非常重要的。在这个页面,我们将看到HNF4基因的结构图,从图中给出的信息可以看出,HNF4基因有10个外显子。蓝色部分是UTR区,显示在5"端有一小段序列和3"端有一大段序列是UTR。3.在HNF-4基因的RefSeq区域,我们将可以看到这个基因的参考序列,有mRNA和基因组的。这个区域不一定每个基因都有。NM_开头的序列都是参考序列。4.接下来我们进入Splign的online界面,你可以通过mRNA和基因组的Accession或是它们Fasta格式的序列进行对比,要注意基因组的序列不要太长。推荐直接在下拉框选项里选择,一般常用的生物都在。5.结果一目了然,10个外显子,而且还显示mRNA以及对应的基因组比对的序列,并且还可以知道某个外显子在mRNA序列上的区域。就连UTR区的序列也知道了。
2023-08-03 01:55:011

怎样从NCBI上查载体基因序列,如果NCBI上没有的话要到哪查?例如:pROK II

进入NCBI主页,把ALL DATA换成PUBMEB.然后输入关键词就可以了。还有很多可以查文献的网站。比如Wiley Online Library.生物秀等
2023-08-03 01:55:473

NCBI如何确定基因的外显子和内含子?

事实上,在NCBI有很多种办法可以确定某个基因的外显子或者内含子,当然还有UTR区域。今天我们来介绍NCBI的其中一个使用软件Splign来在NCBI上找到一个基因的外显子和内含子。操作步骤如下:1.在Gene数据库,填入基因名HNF-4,我一般的话习惯叫Symbol,每个基因都有个Symbol,即基因名。2.我们来mouse的HNF4基因来作为今天的例子。Symbol会随着版本的升级而变化,当然,以前使用过的基因名也会保留着。而Symbol会对应一个GeneID,无论Symbol如何改变,GeneID是唯一的。这个ID是非常重要的。在这个页面,我们将看到HNF4基因的结构图,从图中给出的信息可以看出,HNF4基因有10个外显子。蓝色部分是UTR区,显示在5"端有一小段序列和3"端有一大段序列是UTR。3.在HNF-4基因的RefSeq区域,我们将可以看到这个基因的参考序列,有mRNA和基因组的。这个区域不一定每个基因都有。NM_开头的序列都是参考序列。4.接下来我们进入Splign的online界面,你可以通过mRNA和基因组的Accession或是它们Fasta格式的序列进行对比,要注意基因组的序列不要太长。推荐直接在下拉框选项里选择,一般常用的生物都在。5.结果一目了然,10个外显子,而且还显示mRNA以及对应的基因组比对的序列,并且还可以知道某个外显子在mRNA序列上的区域。就连UTR区的序列也知道了。
2023-08-03 01:55:551

NCBI网上电子数据库参考文献格式怎么写?

如果你是按照国标(GB/T 7714)来写,直接引用网站,可以使用DB/OL或OL,都是可以的,其参考格式为:The National Center for Biotechnology Information [OL].网址,2014-09-05,即可如果你是论文投稿,则要按照期刊杂志要求来写,大部分期刊只要列出网址即可,或期刊列出网址和年份。如果你是引用其中的文献资料,则按照期刊文献引用标准引用,其参考格式为:作者.题名[J]. 期刊名,年份,卷(期):页码如有不懂请追问,解决问题还望采纳
2023-08-03 01:56:251

ncbi怎么引用文献

ncbi引用文献:将NCBI文献导入endnote:结果预览窗口中,Display下拉菜单选择“MEDLINE”,Show下拉菜单选择一个合适的数值以确保 能将所需文献全部导出(但一次最多只能导出200条 记录)。数目巨大的分子数据和这些数据的隐秘而精细的模式使得计算机化的数据库和分析方法成为绝对的必须。挑战在于发现新的手段去处理这些数据的容量和复杂性,并且为研究人员提供更好的便利来获得分析和计算的工具,以便推动对我们遗传之物和其在健康和疾病中角色的理解。主要表现在以下几个方面:①反映论文作者的科学态度,说明论文具有真实、广泛的科学依据,也反映了论文的起点和深度。科学技术研究工作都有继承性,现在的研究都是在过去的研究基础上进行的,今人的研究成果或研究工作一般都是前人研究工作或研究成果的继续和发展。因此,在论文中涉及研究的背景、理由、目的等的阐述,必然要对过去的工作进行评价,著录参考文献既能表明言之有据,并明白交待出该论文的起点和深度。这在一定程度上为论文审阅者、编者和读者评估论文的价值与水平提供了客观依据。②能方便地将论文作者的成果与他人研究成果区别开来,论文所报道的研究成果虽然是论文作者自己的,但在阐述和论证过程中,免不了要引用前人的研究成果。若对引用部分加以标注,则他人的成果将表示得十分清楚。
2023-08-03 01:56:331

怎样在NCBI中查找基因

在NCBI 上查找基因,挺多人都在问这个。当然,对于经常泡NCBI 的人来说,查找基因是入门的、基础的,对高手来讲根本不是个问题。但新手就不同了。当然了,直到现在,虽说已经会了一些,但在NCBI 查找基因,虽说是基础但也是挺复杂的今天要讲的。今天用“苯丙氨酸解氨酶(Phenylalanine ammonia-lyase,PAL)”来作为例子,物种是豆科的。1,打开NCBI,选择核苷酸(Nucleotide)数据库,填上Phenylalanine ammonia-lyase,点击GO,搜索2,我们来看结果,总共有1022 个,结果太多了,有时候刚好你要的结果在第一页的话,那就好办。不是的话,你慢慢的找,实在不是办法。特别是网络不好时,上NCBI 又很慢,的确是一种折磨。3,这个时候我们可以再想办法缩少范围,比方你要找的是豆科的,我们来大豆(soybean)来作例子。在搜索时加上soybean,结果将会大大减少。4,这时候结果已经一目了然,这里需要再介绍另外一种搜索的方法。这种方法是比较精确的。首先在taxonomy 数据库查到soybean 的 taxonomy ID,再回到Nucleotide 数据库,搜索” Phenylalanine ammonia-lyase txid3847 “,txid 是taxonomy ID 是缩写,3847 是大豆soybean 的taxonomy ID。这样子,将搜索范围锁定在大豆。5,看下图,出来的结果都是大豆的,这时基本上就大功告成了。找到了大豆苯丙氨酸解氨酶的序列6,进入序列页面,默认是GenBank 格式,你也可以选择Fasta 格式,一般都是保存为Fasta格式。
2023-08-03 01:56:491

在NCBI中如何查询基因的功能

上面有注释的啊~或者用fasta格式看,在前几行
2023-08-03 01:57:005

NCBI网上电子数据库参考文献格式怎么写?

参考文献可以在百度学术中找到。文献资料或是相关资料可以在相关论文数据库中找到。相关数据可以在相关统计网站找到,希望可以帮到你。 1、论文题目:要求准确、简练、醒目、新颖。  2、目录:目录是论文中主要段落的简表。(短篇论文不必列目录)  3、提要:是文章主要内容的摘录,要求短、精、完整。字数少可几十字,多不超过三百字为宜。  4、关键词或主题词:关键词是从论文的题名、提要和正文中选取出来的,是对表述论文的中心内容有实质意义的词汇。关键词是用作机系统标引论文内容特征的词语,便于信息系统汇集,以供读者检索。 每篇论文一般选取3-8个词汇作为关键词,另起一行,排在“提要”的左下方。  主题词是经过规范化的词,在确定主题词时,要对论文进行主题,依照标引和组配规则转换成主题词表中的规范词语。  5、论文正文:  (1)引言:引言又称前言、序言和导言,用在论文的开头。 引言一般要概括地写出作者意图,说明选题的目的和意义, 并指出论文写作的范围。引言要短小精悍、紧扣主题。  〈2)论文正文:正文是论文的主体,正文应包括论点、论据、 论证过程和结论。主体部分包括以下内容:  a.提出-论点;  b.分析问题-论据和论证;  c.解决问题-论证与步骤;  d.结论。  6、一篇论文的参考文献是将论文在和写作中可参考或引证的主要文献资料,列于论文的末尾。参考文献应另起一页,标注方式按《GB7714-87文后参考文献著录规则》进行。  中文:标题--作者--出版物信息(版地、版者、版期):作者--标题--出版物信息  所列参考文献的要求是:  (1)所列参考文献应是正式出版物,以便读者考证。  (2)所列举的参考文献要标明序号、著作或文章的标题、作者、出版物信息。
2023-08-03 01:57:173