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Motif和domain的区别

2023-07-29 10:59:29
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S笔记

结构域的概念由Wetlaufer于1973年首次提出,他定义结构域为可以自动折叠的稳定的蛋白质结构单位。过去,结构域被描述为,折叠单位,致密结构单位,功能和进化单位。每个定义都是有效的并且经常重叠。紧密结构单位结构域在很多不同的蛋白质中被发现,它在结构环境内容易独立折叠。自然界经常把几个domains结合在一起形成多结构域和多功能蛋白质。在一个多结构域蛋白质中,每一个结构域可以独立行使它自己的功能,或者和它的临近蛋白协调一致的方式行驶。Domains既可以作为模块构建大的复合体像病毒颗粒或肌纤维,也可以提供特定的催化或结合位点,这些都在酶或调节蛋白中被发现。

完全不同的两个概念,但有时还有联系。

Motif :在生物学中是一个基于数据的数学统计模型,典型的是一段sequence也可以是一个结构,是特定的group的序列预测,例如一个DNA sequence可以定义为转录因子结合位点,也就是序列倾向于被这种factor结合。对蛋白质来说,sequence motifs可以被定义为蛋白质(蛋白质序列)属于一个给定的蛋白质家族。一个简单的motif可以是,例如,一个模式pattern,而这个模式被这个group中的所有成员共享。例如WTRXEKXXY(这里,X代表任何氨基酸)。当然也有更复杂的motif模型。Motif有时和特定的功能联系一起。

Protein domains :是一种结构实体,通常代表蛋白质结构中独立折叠和行驶功能的一部分。因此,蛋白质经常是这些结构域的不同的组合构建起来的。

那,motif和domains之间有什么联系?当你考虑蛋白质家族的时候,不仅要看整个序列,还有关注单独结构域。因为,它们是一个基本的功能结构单位,因此找到单个结构域domain的序列motif是很有意义的。因此,你经常会发现一个蛋白质包含多个结构域,每个结构域都有一个与它所属的家族motif匹配的序列。

最主要的区别是,domain是独立的稳定的,motif不是。

参考:2008.2:Disease candidate gene identification and prioritization using protein interaction networks

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2023-07-28 18:24:442

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dao、domain、service、web 分别是java里面的什么概念?为什么总放在一起

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2023-07-28 18:35:222

网站site与domain在SEO中的地位如何

我们今天要了解的site和domain这两个是我们在使用搜索引擎的时候的重要的命令。下面我以通俗的意思解释下两个命令分别代表的意思:site+域名是指该域名被搜索引擎抓取的所有快照数据;domain+域名是指与该域名的相关域的所有快照数据。以上我们了解了site和domain这两个搜索引擎指令的意思和作用,下面我们就需要看下他的作用了:Site出域名所有快照数据可以为我们检查我们的网站有哪些内容被搜索引擎认可同时相对应的展现排位也能为我们反应出相对页面的权重,当首页或者重要的产品页面的排在site快照靠后位置的时候,说明网站的这些页面的权重降低,是一个很有价值的指令。在搜索引擎中我们site出的快照数据够多,就说明我们网站的搜索价值够大,同样的在搜索引擎中,我们网站的权重也会递增,但是网站权重是一个复杂而又相关面很广的数据,网站site收录数量只是重要参考数据之一。其中我们不难看出最后的在站长工具中出现的数据其实已经与我们domain的域名没啥关系了,但是我们domain数据还是出现了该页面的快照,这是因为该页面标题与我们domain的域名在外观上有些相似,就这么简单,他就会展现在我们展现的相关域结果中,同时我们也看到在上面的两个百度知道里有我们真实的链接外链,说明domain在一定程度上是能找到我们的外链的快照,但是这绝对不是统计我们网站外链数量的一条准确途径。同时很多初涉SEO行业的人也会认为domain+域名索引出数据中网站不在首位是降权的表现,这点其实也是不全对的,在我们了解的百度赋予权重中,百科,知道,新浪博客等站点的权重是相当高的,在站点没有完全被搜索引擎认可的时候,相关域排名在这些站点之后真的不丢人,百度搜索引擎一般会给新站赋予一个固定值的虚拟权重,而且有不错的排名,所以在新站domain在第一之后又不在第一页了被认为是降权了是不完全对的。在某些方面可以说是降权了,但是对于新站来说很大可能是在取消了你的虚拟权重,如果按正规途径操作,很快就会恢复你的权重;但是老站出现这个情况就是降权的可能性很大了。Domain中的快照排名其实跟搜索词意义差不多,只是它是利用了切词技术对相关域的快照信息进行排名,它的关键词就是这个域名。从以上分析我们可以看出,无论是site还是domain都是搜索引擎反应索引信息的精准指令,对我们的SEO操作都具有一定的操作指导作用,但是绝对不是争取SEO排名的唯一数据参考。
2023-07-28 18:35:291

为什么我的网站domain没有网站首页

domain是查找外链的指令,用别的工具查查是不是网站首页被K了
2023-07-28 18:35:392

Motif和domain的区别

结构域 domain 的概念由Wetlaufer于1973年首次提出,他定义结构域为可以自动折叠的稳定的蛋白质结构单位。过去,结构域被描述为,折叠单位,致密结构单位,功能和进化单位。每个定义都是有效的并且经常重叠。紧密结构单位结构域在很多不同的蛋白质中被发现,它在结构环境内容易独立折叠。自然界经常把几个domains结合在一起形成多结构域和多功能蛋白质。在一个多结构域蛋白质中,每一个结构域可以独立行使它自己的功能,或者和它的临近蛋白协调一致的方式行驶。Domains既可以作为模块构建大的复合体像病毒颗粒或肌纤维,也可以提供特定的催化或结合位点,这些都在酶或调节蛋白中被发现。 完全不同的两个概念,但有时还有联系。 Motif :在生物学中是一个基于数据的数学统计模型,典型的是一段sequence也可以是一个结构,是特定的group的序列预测,例如一个DNA sequence可以定义为转录因子结合位点,也就是序列倾向于被这种factor结合。对蛋白质来说,sequence motifs可以被定义为蛋白质(蛋白质序列)属于一个给定的蛋白质家族。一个简单的motif可以是,例如,一个模式pattern,而这个模式被这个group中的所有成员共享。例如WTRXEKXXY(这里,X代表任何氨基酸)。当然也有更复杂的motif模型。Motif有时和特定的功能联系一起。 Protein domains :是一种结构实体,通常代表蛋白质结构中独立折叠和行驶功能的一部分。因此,蛋白质经常是这些结构域的不同的组合构建起来的。 那,motif和domains之间有什么联系?当你考虑蛋白质家族的时候,不仅要看整个序列,还有关注单独结构域。因为,它们是一个基本的功能结构单位,因此找到单个结构域domain的序列motif是很有意义的。因此,你经常会发现一个蛋白质包含多个结构域,每个结构域都有一个与它所属的家族motif匹配的序列。 最主要的区别是,domain是独立的稳定的,motif不是。 参考:2008.2:Disease candidate gene identification and prioritization using protein interaction networks
2023-07-28 18:35:471