IMS数据库的简介

PDB数据库存储结构数据的文件是PDB文件，每一个蛋白质或核酸都对应着一个编号，即PDBID， 文件的扩展名为.pdb。PDB文件可以由各种3D结构显示软件打开，比如pymol，Swiss-PDB viewer，VMD等。PDB文件里面的信息是有严格的格式的。各行数据,如标识,原子名,原子序号,残基名称,残基序号等,不仅要按照严格的顺序书写,而且各项所占的空符串长度,及其所处的各行的位置都是严格规定。

步骤错误。1、选择菜单栏中的pdb数据库调试选项。2、弹出选项对话框后，选择pdb数据库调试常规，在右侧选项栏中勾选启用源服务器支持，此时会弹出一个安全警报框，选择是即可。

1。(确保PDM没有语法问题的前提下CheckModel)对准PDM的Diagram右键Properties>>Preview里面你看到的就是指定类型的SQL语句了.2.把SQL语句复制出来(或按组合键Ctrl+G:将脚本生成单独的脚本文件)3。组合键Ctrl+Shift+E打开数据库连接窗口.4。添加ODBC(用于数据库连接)5。连上数据库后,会打开脚本执行窗口6。调整脚本的正确性(生成的脚本并不一定就是正确的,要手动验证下)7。执行脚本如果脚本执行成功.到库里面看下.就会有表的生产了注意:在脚本执行前,一定要检查脚本的正确性,避免不必要的麻烦.执行成功后,窗口下面的输出区域,会显示脚本执行的状态.可以仔细看看,会很有帮助.呵呵.我也是PD的新手.有些资料网上能直接查到.以后多多交流经验啊.

我有个计算机专业的朋友说要检查下sqlnet.ora。

连接字符串?不同数据库不一样,这个不需要看懂,拷贝过来改一下就可以了。

请问你知道了嘛，我最近也在找这个 只能下载到氨基酸序列 下载不到对应的二级结构

在PDB官网打开你想找的蛋白，在图下面的3D View里面打开Structure，可以在里面挑选结构、调颜色等等，在工具栏即可下载。

开始菜单里输入cmd回车，输入sqlplus system/密码@数据库实例名 as sysdba回车，连接成功这里的密码是创建数据库实例时指定的，数据库实例名需要在本机有配置，如果是在DB服务器上执行，实例名的问题就不用管了。

一个长度为n的RNA序列R=r1r2…rn 的假　　结结构定义为碱基配对集合S={（ri，rj ）}，其中　　（ri，rj）满足以下条件：　　（1）（ri，rj）∈{（A，U），（U，A），（G，C），　　（C，G），（G，U），（U，G）}，1≤i　　3；　　（2）若（ri，rj）∈S，（rk，rg）∈S，则i =k当且　　仅当j =g；　　（3）愁（ri1，rj1），（ri2，rj2），…，（rip，rip）∈S，　　（rk1，rg1），（rk2，rg2），…，（rkq，rgq）∈S，且ri1 <ri2 <　　…<rip <rk1 <…<rkq，则有ri1 <ri2 <ri3 <…<rip　　<rk1 <rk2 <…<rkq <rjp <rjp－1 <…rj1 <rgq <rgq－1　　<…2或ri1 <ri2 <ri3 <…<rip <rj1 <　　rj2 <rj3 <…2

打开PDB数据库输入你知道的PDB编号 如果不知道编号就输入英文名称或者简称,搜索后出现蛋白质列表 一个个看 看哪个是你想要的.点一下,右上方有下载链接.下载xxx.pdb到本地磁盘后 用pymol或者rasmol软件打开看.或者用文本编辑器打开看详细的附加信息.

PDB数据库中的EC number是什么意思既然是OFFICE USE ONLY 那就是给他们内部填写的了，是他们法律条例的其中一条参照，对我们来说是不需要知道的，所以你不需要纠结这个问题。

高质量不允许给出资源链接，你有被培训过么？这题我不要了，请继续乱拒绝

http://www.lmbe.seu.edu.cn/biology/bess/biology/chapt11/11-3-1.htm niqu 看看

启动根容器：[oracle@eric ~]$ export ORACLE_SID=cup[oracle@eric ~]$ sqlplus / as sysdbaSQL*Plus: Release 12.1.0.2.0 Production on Wed Jan 21 16:00:06 2015Copyright (c) 1982, 2014, Oracle. All rights reserved.Connected to an idle instance.SQL> startup -----不会直接启动所有可插拔数据库，如需启动所有可插拔数据库，执行命令：alter pluggable database all openORACLE instance started.Total System Global Area 767557632 bytesFixed Size 2929112 bytesVariable Size 574623272 bytesDatabase Buffers 184549376 bytesRedo Buffers 5455872 bytesDatabase mounted.Database opened.停止根容器：SQL> shutdown immediate Database closed.Database dismounted.ORACLE instance shut down.查看是否创建了CDB，如果有显示名字:SQL> select name,cdb from v$database;NAME CDB--------- ---CUP YESSQL> show parameter service;NAME TYPE VALUE------------------------------------ ----------- ------------------------------service_names string cup查看容器名字，其中有3个容器：根容器、种子容器和自己创建的容器:SQL> select con_id,name from v$containers;CON_ID NAME---------- ------------------------------ 1 CDB$ROOT ---根容器 2 PDB$SEED ---种子容器，只可读 3 TEA ---自己创建的可插拔数据库SQL> select file_name from dba_data_files; FILE_NAME--------------------------------------------------------------------------------/oracle/app/oradata/CUP/datafile/o1_mf_system_bch07kvz_.dbf/oracle/app/oradata/CUP/datafile/o1_mf_sysaux_bch020oo_.dbf/oracle/app/oradata/CUP/datafile/o1_mf_undotbs1_bch0d2on_.dbf/oracle/app/oradata/CUP/datafile/o1_mf_users_bch0d15n_.dbfSQL> select file_name from cdb_data_files;FILE_NAME--------------------------------------------------------------------------------/oracle/app/oradata/CUP/datafile/o1_mf_system_bch07kvz_.dbf/oracle/app/oradata/CUP/datafile/o1_mf_sysaux_bch020oo_.dbf/oracle/app/oradata/CUP/datafile/o1_mf_undotbs1_bch0d2on_.dbf/oracle/app/oradata/CUP/datafile/o1_mf_users_bch0d15n_.dbf创建公共用户：SQL> create user c##eric identified by gao;User created.SQL> conn c##eric/gao ERROR:ORA-01045: user C##ERIC lacks CREATE SESSION privilege; logon denied ----没有权限，我们可以单独给其赋予权限，也可以给其指定角色。Warning: You are no longer connected to ORACLE.SQL> conn / as sysdbaConnected.SQL> grant dba to c##eric container=all; ---给其DBA角色，角色范围覆盖所有的容器Grant succeeded.SQL> conn c##eric/gaoConnected. ---连接成功切换容器：首先启动自己创建的容器数据库：SQL> alter pluggable database tea open; ---首先启动PDB数据库SQL> alter session set container = tea;Session altered.SQL> show con_name ---查看当前所在的容器名CON_NAME------------------------------TEA关闭可插拔数据库：SQL> alter pluggable database tea close immediate;Pluggable database altered.

从oracle10g开始，就建议使用服务名来连接数据库了吧！

你直接在PBD主页上的pbd ID or text 里输入你的蛋白ID，也就是1SA1和1SA0，就能查到你要的蛋白质了。蛋白ID旁边有个Download Files，点击后选择你要下载的文件格式即可下载。

你应该知道一些酪蛋白的氨基酸序列了吧，就用你知道的序列blast，从blast结果里看看有没有结晶。好多蛋白没有做个三维结构，有可能查不到的。

1 连接到CDB和普通实例一样的连接。 指定ORACLE_SID 以后可以使用OS认证，也可以使用密码进行连接。[oracle@Ora12c /]$ echo $ORACLE_SIDcndba[oracle@Ora12c /]$ sqlplus / as sysdbaSQL*Plus: Release 12.1.0.1.0 Production onMon Apr 28 11:33:43 2014Copyright (c) 1982, 2013, Oracle. All rights reserved.Connected to:Oracle Database 12c Enterprise EditionRelease 12.1.0.1.0 - 64bit ProductionWith the Partitioning, OLAP, AdvancedAnalytics and Real Application Testing optionsSQL> conn system/oracleConnected.SQL>--查看CDB中可用的service：SQL> COLUMN name FORMAT A30SQL> SELECT name,pdb2 FROM v$services3 ORDER BY name;NAME PDB------------------------------------------------------------SYS$BACKGROUND CDB$ROOTSYS$USERS CDB$ROOTcndba CDB$ROOTcndbaXDB CDB$ROOTpcndba2 PCNDBA2pdbcndba PDBCNDBA6 rows selected.--通过lsnrctl 也可以判断：[oracle@Ora12c /]$ lsnrctl serviceLSNRCTL for Linux: Version 12.1.0.1.0 -Production on 28-APR-2014 11:35:31Copyright (c) 1991, 2013, Oracle. All rights reserved.Connecting to(DESCRIPTION=(ADDRESS=(PROTOCOL=IPC)(KEY=EXTPROC1521)))Services Summary...Service "cndba" has 1instance(s).Instance "cndba", status READY, has 1 handler(s) for thisservice...Handler(s):"DEDICATED" established:0 refused:0 state:readyLOCAL SERVERService "cndbaXDB" has 1instance(s).Instance "cndba", status READY, has 1 handler(s) for thisservice...Handler(s):"D000" established:0 refused:0 current:0 max:1022 state:readyDISPATCHER <machine: Ora12c, pid: 10085>(ADDRESS=(PROTOCOL=tcp)(HOST=Ora12c)(PORT=14696))Service "pcndba2" has 1instance(s).Instance "cndba", status READY, has 1 handler(s) for thisservice...Handler(s):"DEDICATED" established:0 refused:0 state:readyLOCAL SERVERService "pdbcndba" has 1instance(s).Instance "cndba", status READY, has 1 handler(s) for thisservice...Handler(s):"DEDICATED" established:0 refused:0 state:readyLOCAL SERVERThe command completed successfully[oracle@Ora12c /]$通过这些service，就可以远程连接CDB。--EZCONNECTC:UsersDave>sqlplussystem/oracle@192.168.1.10:1521/cndbaSQL*Plus: Release 11.2.0.1.0 Production on 星期三 4月 30 11:36:48 2014Copyright (c) 1982, 2010, Oracle. All rights reserved.连接到:Oracle Database 12c Enterprise EditionRelease 12.1.0.1.0 - 64bit ProductionWith the Partitioning, OLAP, AdvancedAnalytics and Real Application Testing optionsSQL>--通过TNSNAMES.ORA连接：在tnsnames.ora 中配置如下：cndba =(DESCRIPTION =(ADDRESS = (PROTOCOL = TCP)(HOST = 192.168.1.10)(PORT = 1521))(CONNECT_DATA =(SERVER = DEDICATED)(SERVICE_NAME = cndba)))--连接：C:UsersDave>sqlplussystem/oracle@cndbaSQL*Plus: Release 11.2.0.1.0 Production on 星期三 4月 30 11:40:01 2014Copyright (c) 1982, 2010, Oracle. All rights reserved.连接到:Oracle Database 12c Enterprise EditionRelease 12.1.0.1.0 - 64bit ProductionWith the Partitioning, OLAP, AdvancedAnalytics and Real Application Testing optionsSQL>2 在不同Container database中切换在12c的架构中，因为有CDB和 PDB的存在，所以会有很多不同的container，所以在连接到不同的container时，就需要进行切换。--查看当前的container：SQL> show con_nameCON_NAME------------------------------CDB$ROOTSQL> SELECT SYS_CONTEXT("USERENV","CON_NAME") FROM dual;SYS_CONTEXT("USERENV","CON_NAME")--------------------------------------------------------------------------------CDB$ROOTSQL> set lin 140SQL> select con_id, dbid,guid, name , open_mode from v$pdbs;CON_ID DBID GUID NAME OPEN_MODE---------- ------------------------------------------ ---------- ----------2 4088301206 F7C1E3C96BBF0585E0430A01A8C05459 PDB$SEED READ ONLY3 426143573F7C209EB1DFC0854E0430A01A8C0B787 PDBCNDBA READ WRITE4 1231796139 F812DE1B6A8F363AE0430A01A8C0C759 PCNDBA2 READ WRITE--切换container：SQL> alter session setcontainer=pcndba2;Session altered.SQL> show con_nameCON_NAME------------------------------PCNDBA23 连接到PDB--EZCONNECT:C:UsersDave>sqlplussystem/oracle@192.168.1.10:1521/pcndba2SQL*Plus: Release 11.2.0.1.0 Production on 星期三 4月 30 11:54:30 2014Copyright (c) 1982, 2010, Oracle. All rights reserved.连接到:Oracle Database 12c Enterprise EditionRelease 12.1.0.1.0 - 64bit ProductionWith the Partitioning, OLAP, AdvancedAnalytics and Real Application Testing optionsSQL>--TNSNAMES.ora在tnsnames.ora 中添加如下内容：pcndba =(DESCRIPTION =(ADDRESS = (PROTOCOL = TCP)(HOST = 192.168.1.10)(PORT = 1521))(CONNECT_DATA =(SERVER = DEDICATED)(SERVICE_NAME = pcndba2)))C:UsersDave>sqlplussystem/oracle@pcndbaSQL*Plus: Release 11.2.0.1.0 Production on 星期三 4月 30 11:55:50 2014Copyright (c) 1982, 2010, Oracle. All rights reserved.连接到:Oracle Database 12c Enterprise EditionRelease 12.1.0.1.0 - 64bit ProductionWith the Partitioning, OLAP, AdvancedAnalytics and Real Application Testing optionsSQL>

csdn.net

每个PDB文件可能分割成一系列行，由行终止符终止。在记录文件中每行由80列组成。每条PDB记录末尾标志应该是行终止符。PDB文件中每行都是自我识别的。每行的前六列存放记录名称，左对齐空格补足.必须和规定的记录名称一致。PDB文件也可看成是各种记录类型的总和。每个记录类型包括一行或多行又被更深一层分成各字段。以下是PDB文件存储数据格式的一个完整简洁的说明：标题部分1 HEADER(分子类，公布日期、ID号)2 OBSLTE (注明此ID号已改为新号)3 TITLE(说明实验方法类型)4 CAVEAT(可能的错误提示)5 COMPND(化合物分子组成)6 SOURCE(化合物来源)7 KEYWDS(关键词)8 EXPDTA(测定结构所用的实验方法)9 AUTHOR(结构测定者)10 REVDAT(修订日期及相关内容)11 SPRSDE(已撤销或更改的相关记录)12 JRNL(发表坐标集的文献)13 REMARKREMARK 1(有关文献)REMARK 2(最大分辨率)REMARK 3(用到的程序和统计方法)REMARK 4-999一级结构1 DBREF (其他序列库的有关记录)2 SEQADV ( PDB与其他记录的出入)3 SEQRES (残基序列)4 MODRES (对标准残基的修饰)杂因子1 HET(非标准残基)2 HETNAM(非标准残基的名称)3 HETSNY (非标准残基的同义字)4 FORMOL（非标准残基的化学式）二级结构1 HELIX(螺旋)2 SHEET(折叠片)3 TURN(转角)连接注释1 SSBOND(二硫键)2 LINK(残基间化学键)3 HYDBND(氢键)4 SLTBRG(盐桥)5 CISPEP(顺式残基)晶胞特征及坐标变换1 CRYST1(晶胞参数)2 ORIGXn(直角－PDB坐标)3 SCALEn(直角－部分结晶学坐标)4 MTRIXn(非晶相对称)5 TVECT(转换因子)坐标部分1 MODEL(多亚基时示亚基号)2 ATOM(标准基团的原子坐标)3 SIGATM(标准差)4 ANISOU(温度因子)5 SIGUIJ(各种温度因素导致的标准差)6 TER(链末端)7 HETATM(非标准基团原子坐标)8 ENDMDL(亚基结束)连通性部分CONECT(原子间的连通性有关记录)簿记1 MASTER (版权拥有者)2 END(文件结束)

PDB是目前最主要的收集生物大分子(蛋白质、核酸和糖)2.5维（以二维的形式表示三维的数据）结构的数据库,是通过X射线单晶衍射、核磁共振、电子衍射等实验手段确定的蛋白质、多糖、核酸、病毒等生物大分子的三维结构数据库。随着晶体衍射技术的不断改进,结构测定的速度和精度也逐步提高。90年代以来,随着多维核磁共振溶液构象测定方法的成熟,使那些难以结晶的蛋白质分子的结构测定成为可能。蛋白质分子结构数据库的数据量迅速上升。据2000年5月统计，PDB数据库中已经存放了1万2千多套原子坐标,其中大部分为蛋白质，包括多肽和病毒。此外,还有核酸、蛋白和核酸复合物以及少量多糖分子。核酸三维结构测定进展迅速。PDB数据库中已经收集了800多套核酸结构数据。PDB数据库允许用户用各种方式以及布尔逻辑组合(AND、OR和NOT)进行检索，可检索的字段包括功能类别、PDB代码、名称、作者、空间群、分辨率、来源、入库时间、分子式、参考文献、生物来源等项。用户不仅可以得到生物大分子的各种注释、坐标、三维图形、VAML等,并能从一系列指针连接到与PDB有关的数据库，包括SCOP、CATH、Medline、ENZYME、SWISS-3DIMAGE等。可通过FTP下载PDB数据。所有的PDB文件均有压缩和非压缩版以适应用户传输需要。PDB的电子公告版BBS和电子邮件兴趣小组(Mailing List)为用户提供了交流经验和发布新闻的空间。在PDB的服务器上还提供与结构生物学相关的多种免费软件如Rasmol、Mage、PDBBrowser、3DB Brower等。

两个节点，第一个节点能正常启动，但第二个节点报错。无论是在集群还是在实例，都无法启动数据库实例。[grid@m2 ~]$ srvctl start instance -d mdb -i mdb2PRCR-1013 : 无法启动资源 ora.mdb.dbPRCR-1064 : 无法在节点 m2 上启动资源 ora.mdb.dbORA-00203: ??????????ORA-00202: ????: ""+DATA/mdb/controlfile/current.268.821031437""CRS-2674: 未能启动 "ora.mdb.db" (在 "m2" 上)[grid@m2 ~]$ pwd/home/grid[grid@m2 ~]$ ll总计 4drwxrwxr-x 3 grid oinstall 4096 07-15 15:35 oradiag_grid[grid@m2 ~]$ pwd/home/grid[grid@m2 ~]$ srvctl status asm -n m1ASM 正在 m1 上运行[grid@m2 ~]$ srvctl status asm -n m2ASM 正在 m2 上运行ORA-03113: end-of-file on communication channel使用相同的pfile启动。SQL> startup pfile="/opt/app/oracle/product/11.2.0/dbs/initmdb1.ora";ORACLE instance started.Total System Global Area 1607008256 bytesFixed Size 1336820 bytesVariable Size 469764620 bytesDatabase Buffers 1124073472 bytesRedo Buffers 11833344 bytesORA-00203: using the wrong control filesORA-00202: control file: "+DATA/mdb/controlfile/current.268.821031437"NODE M2:SQL> show parameter controlNAME TYPE

美国研究人员称，以便制造出ns2-3蛋白酶的抑制物。因此，这种蛋白被酶切为包括ns 2-3蛋白酶在内的几种蛋白，该蛋白结构的详细研究有助于活性部位小分子抑制物的研 究。 charlesrice的研究发现ns2-3蛋白酶催化区的晶体结构是由两种相同蛋白构成的二聚 体，该酶的活性部位分别由这两个蛋白的部分氨基酸组成，他们已经确定了一种丙型肝炎病毒蛋白质--ns2-3蛋白酶的晶体结 构科学家发现一种丙型肝炎病毒蛋白酶的活性位点 全世界大约有一亿七千万人受丙型肝炎的影响。研究人员称，该蛋白质晶体结构的确定有助于新型抗病毒药物的设计研究，因为实验证明该蛋白酶对病 毒复制非常重要，ns2-3二聚体 的浓度及其二聚体形式可能是病毒复制周期的限制因素，肝炎往往导致肝硬化化和肝 癌。洛克菲勒大学的charl -esrice及其同事称。该研究的详细文章发表在《自然》杂志上，丙型肝炎病毒基因组编码一种多聚蛋白

1 用oracle 的连接工具，如 plsql 什么的 导 .sql 文件2 看你考的项目是怎么连接数据库的，一般的应该是在配置文件里写的，找找把，如 .properties3 跑跑项目看有啥错，一点一点该，按提示的错误网上找

ASP。NET里的DLL文件里叫动态链接库，和数据库没关系，他里面放的是生成的一些内容，比如，类的字段，方法等到内容。你可以安装SDK2。0，安装好后用反汇编程序查看里面的东西。

Oracle 12C引入了CDB与PDB的新特性，在ORACLE 12C数据库引入的多租用户环境（Multitenant Environment）中，允许一个数据库容器（CDB）承载多个可插拔数据库（PDB）。CDB全称为Container Database，中文翻译为数据库容器，PDB全称为Pluggable Database，即可插拔数据库。在ORACLE 12C之前，实例与数据库是一对一或多对一关系（RAC）：即一个实例只能与一个数据库相关联，数据库可以被多个实例所加载。而实例与数据库不可能是一对多的关系。当进入ORACLE 12C后，实例与数据库可以是一对多的关系。

蛋白质结构和功能多样性的直接原因是组成蛋白质的氨基酸的种类、数目、排列顺序以及盘曲折叠形成的空间结构不同，导致蛋白质结构具有多样性结构的多样性决定了蛋白质功能的多样性，蛋白质结构和功能多样性的根本原因是基因的多样性，或者是遗传物质的多样性。

　　Oracle 12C引入了CDB与PDB的新特性，在ORACLE 12C数据库引入的多租用户环境（Multitenant Environment）中，允许一个数据库容器（CDB）承载多个可插拔数据库（PDB）。CDB全称为Container Database，中文翻译为数据库容器，PDB全称为Pluggable Database，即可插拔数据库。在ORACLE 12C之前，实例与数据库是一对一或多对一关系（RAC）：即一个实例只能与一个数据库相关联，数据库可以被多个实例所加载。而实例与数据库不可能是一对多的关系。当进入ORACLE 12C后，实例与数据库可以是一对多的关系。下面是官方文档关于CDB与PDB的关系图。　　clip_image002　　其实大家如果对SQL SERVER比较熟悉的话，这种CDB与PDB是不是感觉和SQL SERVER的单实例多数据库架构是一回事呢。像PDB$SEED可以看成是master、msdb等系统数据库，PDBS可以看成用户创建的数据库。而可插拔的概念与SQL SERVER中的用户数据库的分离、附加其实就是那么一回事。看来ORACLE也“抄袭”了一把SQL SERVER的概念，只是改头换面的包装了一番。　　CDB组件（Components of a CDB）　　一个CDB数据库容器包含了下面一些组件：　　ROOT组件　　ROOT又叫CDB$ROOT, 存储着ORACLE提供的元数据和Common User,元数据的一个例子是ORACLE提供的PL/SQL包的源代码，Common User 是指在每个容器中都存在的用户。　　SEED组件　　Seed又叫PDB$SEED,这个是你创建PDBS数据库的模板，你不能在Seed中添加或修改一个对象。一个CDB中有且只能有一个Seed. 这个感念，个人感觉非常类似SQL SERVER中的model数据库。　　PDBS　　CDB中可以有一个或多个PDBS，PDBS向后兼容，可以像以前在数据库中那样操作PDBS，这里指大多数常规操作。　　这些组件中的每一个都可以被称为一个容器。因此，ROOT(根)是一个容器，Seed(种子)是一个容器，每个PDB是一个容器。每个容器在CDB中都有一个独一无二的的ID和名称。　　1）连接到CDB数据库　　连接到CDB数据库容器非常简单，跟以前连接数据库是一样的复制代码　　[oracle@get-orasvr02 ~]$ sqlplus / as sysdbaSQL*Plus: Release 12.1.0.1.0 Production on Sun Oct 20 23:41:36 2013Copyright (c) 1982, 2013, Oracle. All rights reserved.　　Connected to an idle instance.　　SQL>　　[oracle@get-orasvr02 ~]$ sqlplus sys/password as sysdbaSQL*Plus: Release 12.1.0.1.0 Production on Sun Oct 20 23:43:17 2013Copyright (c) 1982, 2013, Oracle. All rights reserved.　　Connected to an idle instance.　　SQL>　　复制代码　　2）查看数据库是否为CDB　　复制代码　　SQL> select name, decode(cdb, "YES", "Multitenant Option enabled", "Regular 12c Database: ") "Multitenant Option" , open_mode, con_id from v$database;NAME Multitenant Option OPEN_MODE CON_ID--------- ----------------------------- -------------------- ----------EPPS Multitenant Option enabled READ WRITE 0复制代码　　YES表示该数据库是CDB,如果是NO表示是NO-CDB(普通数据库)3）查看当前容器（Container）　　3.1　　复制代码　　SQL> show con_name　　CON_NAME　　------------------------------　　CDB$ROOT　　SQL>　　3.2　　SQL> select sys_context("userenv", "con_name") "Container DB" from dual;Container DB　　----------------------------------------------------CDB$ROOT　　SQL>　　复制代码　　4）查看CDB容器中的PDBS信息　　查看CDB中有多少个pluggable database　　复制代码　　SQL> select con_id, dbid, guid, name , open_mode from v$pdbs;CON_ID DBID GUID NAME OPEN_MODE---------- ---------- -------------------------------- ------------------------------ ----------2 4071321146 E89E8DA2866E3157E043DE07A8C09238 PDB$SEED READ ONLY3 1930201447 E89E9418B882350CE043DE07A8C092B6 PDBEPPS MOUNTEDSQL>　　复制代码　　5）启动PDB数据库　　方式1：　　复制代码　　SQL> alter pluggable database PDBEPPS open;Pluggable database altered.　　SQL> select con_id, dbid, guid, name , open_mode from v$pdbs;CON_ID DBID GUID NAME OPEN_MODE---------- ---------- -------------------------------- ------------------------------ ----------2 4071321146 E89E8DA2866E3157E043DE07A8C09238 PDB$SEED READ ONLY3 1930201447 E89E9418B882350CE043DE07A8C092B6 PDBEPPS READ WRITE复制代码　　方式2：　　复制代码　　SQL> alter session set container=PDBEPPS;Session altered.　　SQL> startup　　Pluggable Database opened.　　SQL>　　复制代码　　6）关闭PDB数据库　　SQL> alter pluggable database PDBEPPS close;Pluggable database altered.　　SQL> select con_id, dbid, guid, name , open_mode from v$pdbs;CON_ID DBID GUID NAME OPEN_MODE---------- ---------- -------------------------------- ------------------------------ ----------2 4071321146 E89E8DA2866E3157E043DE07A8C09238 PDB$SEED READ ONLY3 1930201447 E89E9418B882350CE043DE07A8C092B6 PDBEPPS MOUNTEDSQL>　　7）在容器间切换　　SQL> alter session set container=PDBEPPS;Session altered.　　SQL> show con_name;　　CON_NAME　　------------------------------　　PDBEPPS　　SQL>　　SQL> alter session set container=CDB$ROOT;Session altered.　　SQL> show con_name;　　CON_NAME　　------------------------------　　CDB$ROOT　　SQL>

你直接在PBD主页上的pbdIDortext里输入你的蛋白ID，也就是1SA1和1SA0，就能查到你要的蛋白质了。蛋白ID旁边有个DownloadFiles，点击后选择你要下载的文件格式即可下载。

这里整理了一份系统全面的Python开发学习路线，主要涉及以下知识，感兴趣的小伙伴欢迎一起来学习~第一阶段：专业核心基础阶段目标：1.熟练掌握Python的开发环境与编程核心知识2.熟练运用Python面向对象知识进行程序开发3.对Python的核心库和组件有深入理解4.熟练应用SQL语句进行数据库常用操作5.熟练运用Linux操作系统命令及环境配置6.熟练使用MySQL，掌握数据库高级操作7.能综合运用所学知识完成项目知识点：Python编程基础、Python面向对象、Python高级进阶、MySQL数据库、Linux操作系统。1、Python编程基础，语法规则，函数与参数，数据类型，模块与包，文件IO，培养扎实的Python编程基本功，同时对Python核心对象和库的编程有熟练的运用。2、Python面向对象，核心对象，异常处理，多线程，网络编程，深入理解面向对象编程，异常处理机制，多线程原理，网络协议知识，并熟练运用于项目中。3、类的原理，MetaClass，下划线的特殊方法，递归，魔术方法，反射，迭代器，装饰器，UnitTest，Mock。深入理解面向对象底层原理，掌握Python开发高级进阶技术，理解单元测试技术。4、数据库知识，范式，MySQL配置，命令，建库建表，数据的增删改查，约束，视图，存储过程，函数，触发器，事务，游标，PDBC，深入理解数据库管理系统通用知识及MySQL数据库的使用与管理。为Python后台开发打下坚实基础。5、Linux安装配置，文件目录操作，VI命令，管理，用户与权限，环境配置，Docker，Shell编程Linux作为一个主流的服务器操作系统，是每一个开发工程师必须掌握的重点技术，并且能够熟练运用。第二阶段：PythonWEB开发阶段目标：1.熟练掌握Web前端开发技术，HTML，CSS，JavaScript及前端框架2.深入理解Web系统中的前后端交互过程与通信协议3.熟练运用Web前端和Django和Flask等主流框架完成Web系统开发4.深入理解网络协议，分布式，PDBC，AJAX，JSON等知识5.能够运用所学知识开发一个MiniWeb框架，掌握框架实现原理6.使用Web开发框架实现贯穿项目知识点：Web前端编程、Web前端高级、Django开发框架、Flask开发框架、Web开发项目实战。1、Web页面元素，布局，CSS样式，盒模型，JavaScript，JQuery与Bootstrap掌握前端开发技术，掌握JQuery与BootStrap前端开发框架，完成页面布局与美化。2、前端开发框架Vue，JSON数据，网络通信协议，Web服务器与前端交互熟练使用Vue框架，深入理解HTTP网络协议，熟练使用Swagger，AJAX技术实现前后端交互。3、自定义Web开发框架，Django框架的基本使用，Model属性及后端配置，Cookie与Session，模板Templates，ORM数据模型，Redis二级缓存，RESTful，MVC模型掌握Django框架常用API，整合前端技术，开发完整的WEB系统和框架。4、Flask安装配置，App对象的初始化和配置，视图函数的路由，Request对象，Abort函数，自定义错误，视图函数的返回值，Flask上下文和请求钩子，模板，数据库扩展包Flask-Sqlalchemy，数据库迁移扩展包Flask-Migrate，邮件扩展包Flask-Mail。掌握Flask框架的常用API，与Django框架的异同，并能独立开发完整的WEB系统开发。第三阶段：爬虫与数据分析阶段目标：1.熟练掌握爬虫运行原理及常见网络抓包工具使用，能够对HTTP及HTTPS协议进行抓包分析2.熟练掌握各种常见的网页结构解析库对抓取结果进行解析和提取3.熟练掌握各种常见反爬机制及应对策略，能够针对常见的反爬措施进行处理4.熟练使用商业爬虫框架Scrapy编写大型网络爬虫进行分布式内容爬取5.熟练掌握数据分析相关概念及工作流程6.熟练掌握主流数据分析工具Numpy、Pandas和Matplotlib的使用7.熟练掌握数据清洗、整理、格式转换、数据分析报告编写8.能够综合利用爬虫爬取豆瓣网电影评论数据并完成数据分析全流程项目实战知识点：网络爬虫开发、数据分析之Numpy、数据分析之Pandas。1、爬虫页面爬取原理、爬取流程、页面解析工具LXML，正则表达式，代理池编写和架构、常见反爬措施及解决方案、爬虫框架结构、商业爬虫框架Scrapy，基于对爬虫爬取原理、网站数据爬取流程及网络协议的分析和了解，掌握网页解析工具的使用，能够灵活应对大部分网站的反爬策略，具备独立完成爬虫框架的编写能力和熟练应用大型商业爬虫框架编写分布式爬虫的能力。2、Numpy中的ndarray数据结构特点、numpy所支持的数据类型、自带的数组创建方法、算术运算符、矩阵积、自增和自减、通用函数和聚合函数、切片索引、ndarray的向量化和广播机制，熟悉数据分析三大利器之一Numpy的常见使用，熟悉ndarray数据结构的特点和常见操作，掌握针对不同维度的ndarray数组的分片、索引、矩阵运算等操作。3、Pandas里面的三大数据结构，包括Dataframe、Series和Index对象的基本概念和使用，索引对象的更换及删除索引、算术和数据对齐方法，数据清洗和数据规整、结构转换，熟悉数据分析三大利器之一Pandas的常见使用，熟悉Pandas中三大数据对象的使用方法，能够使用Pandas完成数据分析中最重要的数据清洗、格式转换和数据规整工作、Pandas对文件的读取和操作方法。4、matplotlib三层结构体系、各种常见图表类型折线图、柱状图、堆积柱状图、饼图的绘制、图例、文本、标线的添加、可视化文件的保存，熟悉数据分析三大利器之一Matplotlib的常见使用，熟悉Matplotlib的三层结构，能够熟练使用Matplotlib绘制各种常见的数据分析图表。能够综合利用课程中所讲的各种数据分析和可视化工具完成股票市场数据分析和预测、共享单车用户群里数据分析、全球幸福指数数据分析等项目的全程实战。第四阶段：机器学习与人工智能阶段目标：1.理解机器学习相关的基本概念及系统处理流程2.能够熟练应用各种常见的机器学习模型解决监督学习和非监督学习训练和测试问题，解决回归、分类问题3.熟练掌握常见的分类算法和回归算法模型，如KNN、决策树、随机森林、K-Means等4.掌握卷积神经网络对图像识别、自然语言识别问题的处理方式，熟悉深度学习框架TF里面的张量、会话、梯度优化模型等5.掌握深度学习卷积神经网络运行机制，能够自定义卷积层、池化层、FC层完成图像识别、手写字体识别、验证码识别等常规深度学习实战项目知识点：1、机器学习常见算法、sklearn数据集的使用、字典特征抽取、文本特征抽取、归一化、标准化、数据主成分分析PCA、KNN算法、决策树模型、随机森林、线性回归及逻辑回归模型和算法。熟悉机器学习相关基础概念，熟练掌握机器学习基本工作流程，熟悉特征工程、能够使用各种常见机器学习算法模型解决分类、回归、聚类等问题。2、Tensorflow相关的基本概念，TF数据流图、会话、张量、tensorboard可视化、张量修改、TF文件读取、tensorflowplayround使用、神经网络结构、卷积计算、激活函数计算、池化层设计，掌握机器学习和深度学习之前的区别和练习，熟练掌握深度学习基本工作流程，熟练掌握神经网络的结构层次及特点，掌握张量、图结构、OP对象等的使用，熟悉输入层、卷积层、池化层和全连接层的设计，完成验证码识别、图像识别、手写输入识别等常见深度学习项目全程实战。

在众多的晶体数据库当中, 位于英国剑桥大学的剑桥晶体数据库中心CCDC管理的数据库CSD极著盛名。它主要存储那些含有C-H 键的小分子晶体结构数据, 处理的分子原子总数在500以内, 而不含C-H 键的无机物和大分子晶体数据库则有著名的无机晶体结构数据库ICSD 和蛋白质数据库PDB。此外专门收藏金属，矿物，粉末衍射和表面结构等等的数据库还有很多，它们针对不同的物质和方法。由于专业的限制，有的我一辈子可能不会与之交臂。

大型数据库的数据库模式是一组物理数据库记录型(PDBR型)，每个PDBR型是由若干相关联的片段型组成的一棵层次树结构。它的一个根片段值及其后裔片段值构成了该PDBR型的一个值，即数据库记录或实例。每个PDBR型通过一个DBD语句群定义其逻辑结构及其存储结构映像，大型数据库模式的定义是一组DBD定义的排列。在DBD定义过程中各片段型出现的次序决定了数据库各片段值的存储次序，从而会影响到某些DL/1语句的执行结果。要求这种次序与片段型在PDBR型树的层次顺序(自顶向下,自左向右)保持一致。外模式定义外模式是各个用户所需数据的局部逻辑结构，是应用程序的数据视图，一般地只涉及数据库的一部分，故需在PDBR型的基础上分别定义。一个数据库模式有若干外模式，允许多个应用程序共享一个外模式,但每个程序只能启动一个外模式。一个外模式是一组逻辑数据库记录型(LDBR型)的集合，记为PSB。一个LDBR型是某个PDBR型的子树，由一个PCB定义。外模式的定义遵循如下规则：‘若外模式包含某个片断型，则必须包含其父片断型。"下边说明一个逻辑数据库记录型是如何定义的。(1)教学数据库的一个LDBR型(2)LDBR型的PCB定义用PCB定义一个逻辑数据库记录型LDBR(1)PCBtype=DB,DBDname=TS,KEYLENGH=10(2)SENSEGname=dept,PROCopt=G(3)SENSEGname=course,parent=dept,procopt=all(4)SENSEGname=student,parent=course,procopt=rIMS的数据操纵语言是DL/1。用户使用某种高级语言(称为宿主语言)编程，通过嵌入DL/1语句实现对数据库的存取。DL/1命令GU检索某片段GN顺序检索下一片段GNP在当前父片段内检索下一片段GHU同GU,为删改作准备GHN同GN,为删改作准备GHNP同GUP,为删改作准备ISRT插入片段REPL修改片段内容DELT删除某片段及其后裔LOAD初始加载一个片段CHKP建立检查点SCHD调度PSBTERM释放PSBIMS的存储结构IMS提供四种存储结构：以下各存储结构的示例均以教学数据库PDBR为模型。1.HSAM：层次顺序访问方法，片段按层次顺序作物理邻接存储。2.HISAM：层次索引顺序访问方法，非根片段按层次顺序值升序邻接存储，根片段用顺序域索引的方法组织并指向下属区域。3.HDAM：层次直接访问方法，片段的存储采用离散分布方式，根片段用顺序域HASH方法组织，从根片段出发用指针按层次顺序值的顺序把物理上分散的从属片段链接起来。4.HIDAM：层次索引直接访问方法，类似于HDAM，不同的是，根片段采用顺序域索引技术组织，而不是HASH方法。故是HDAM和HISAM两种方法的混合。根片段从片段HSAM顺序邻接顺序邻接HISAM索引法顺序邻接HDAMHASH法链表HIDAM索引法链表

先找一个免费的进入数据库的帐号， 在网上可以搜索到进入数据库网站，检索你的相关化学式，再查看每个文章，就能找到你想要的图。

oracle 12c中无需配置额外的监听来连接pdb，在tns串中已经包含。首先要明确，所有的PDB都使用1个监听，配置多个实际上启动时也只有第1个有意义。 LISTENER = (DESCRIPTION = (ADDRESS = (PROTOCOL = TCP)(HOST = ora12c_A)(PORT = 1521)) )接下来使用SID_LIST_LISTENER来进行静态注册服务。 SID_LIST_LISTENER = (SID_LIST = (SID_DESC = (GLOBAL_DBNAME = ora12c) #该服务是我配置的cdb信息 (SID_NAME = ora12c) ) (SID_DESC = (GLOBAL_DBNAME = pdborcl)#该服务是我配置的pdb信息 (SID_NAME = ora12c) ) ) ADR_BASE_LISTENER = /opt/oracle

这个是PDB数据库原子坐标记录格式HETATM 非标准基团原子坐标e.g: 1 MG MG 168 4.669 34.118 19.123 1.00 3.16 MG2+英文在PDB file 中的说明：The HETATM records present the atomic coordinate records for atoms within "non-standard" groups. These records are used for water molecules and atoms presented in HET groups.

http://zhidao.baidu.com/link?url=QIX7yqZ29QLtA9HANe8z8eWo1Jen6zW0wdIOC7tfeO9o0NUXCTp8H6SanfEAvXbRUT5Uh7QB-fzp7Sa_7QhTia 12c 还没用过，上面地址供参考 不知道是不是这个问题alter user scott identified by tiger; 用户名的格式是不是变了，要加C##

通过配置本地数据库的tns配置文件实现：去oracle安装目录下oracleproduct10.2.0db_2NETWORKADMIN 找到tnsnames.ora，用记事本打开，里边有远程数据库的tns连接配置串如下ORCL23 = (DESCRIPTION = (ADDRESS_LIST = (ADDRESS = (PROTOCOL = TCP)(HOST = 192.168.3.23)(PORT = 1521)) ) (CONNECT_DATA = (SID = ORCL) ) )添加好ip、端口和目标数据库的实例名(SID)，然后确保tns名称(ORCL23)在整个文档中唯一，保存后打开数据库连接工具，输入远程数据库上的用户名密码，选择数据库对象为你配置的连接名就可以了

从蛋白结构水平看，　　一级结构由20种氨基酸连接成多肽链，多肽链中氨基酸的数目和20种氨基酸不同的排列顺序，使得蛋白的一级结构就千差万别，这是导致蛋白质多样性最直接的原因。　　其次，二级、三级折叠情况的不同，折叠后修饰等等进一步增加了蛋白的多样性。根据个人知识回答

文件头数据结构typedef struct {UInt8 name[dmDBNameLength];UInt16 attributes;UInt16 version;UInt32 creationDate;UInt32 modificationDate;UInt32 lastBackupDate;UInt32 modificationNumber;LocalID appInfoID;LocalID sortInfoID;UInt32 type;UInt32 creator;UInt32 uniqueIDSeed;RecordListType recordList;} DatabaseHdrType;文件头字段描述：Name 一个32字节的长度的字符串，包含有数据库的名称。名称最长为31个字节，使用0x00结尾。该字段也用来在同步备份时作为PDB文件的文件名。Attributes 数据库的属性标志。Version 数据库的版本。creationDate 数据库创建日期，为距离1904年1月1日上午12：00的秒数。ModificationDate 最后修改日期，为距离1904年1月1日上午12：00的秒数。LastBackupDate 最后备份日期， 为距离1904年1月1日上午12：00的秒数。ModificationNumber 数据库修改次数。AppInfoID AppInfo块的偏移地址，如果没有AppInfo块数值为0x00000000 SortInfoID SortInfo块的偏移地址，如果没有SortInfo块数值为0x00000000 Type 数据库类型标识。该值依赖创建该数据库的应用程序。Creator 数据库创建者的标识. uniqueIDSeed 被Palm OS系统内部使用，用于在系统装入数据库时记录标识。RecordList 数据库中资源或者记录的列表。typedef struct {LocalID nextRecordListID;UInt16 numRecords;UInt16 firstEntry;} RecordListType;注意：placeholder byes-这两个字节专门用于字节对齐，如果没有任何记录，那么就在该位置放置0；否则在所有记录列表的最后放置0。字段描述NextRecordListID 下一个记录列表的偏移位置，如果没有下一个记录列表该项为0。NumRecords 记录数量。FirstEntry 首条记录的索引。

还有.exe 则是可执行文件，

Java书籍太多这方面的介绍了。（1）运行PowerDesigner，并在PowerDesigner主窗口中选择主菜单中的File/New命令，在打开的New对话框左侧Model type列表框中选择Physical Data Model（物理数据模型，简称PDB）选项，在右侧的Model name文本框中输入模型名称JXCManager，在DBMS下拉列表框中选择数据库管理系统。PowerDesigner支持的数据库管理系统非常多，例如常用的MySQL 5.0、Microsoft SQL Server 2005、Oracle Version 10gR2等。企业进销存管理系统选择Microsoft SQL Server 2000作为数据库服务器，单击“确定”按钮。（2）打开新建的PDM窗口。在该窗口的中心空白区域是模型编辑器，下方为输出窗口。另外还有一个浮动的工具面板，其中包括常用的建表工具、建视图工具和主外键引用工具。（3）在图1.13中单击“建表工具”按钮 ，这时鼠标指针将显示为 ，在模型编辑器的合适位置单击，此时在图形窗口中将显示如图1.14所示的数据表模型。注意：细心的读者可以发现，此时的鼠标指针仍然是 。如果再次单击还将出现类似图1.14所示的表符号。如果想取消该指针，可以单击工具面板中的 按钮或单击鼠标右键。（4）在图1.14所示的表符号上双击鼠标左键，将打开Table Properties（表属性）对话框。默认情况下选中的是General选项卡，在该选项卡的Name文本框中，输入表的名称tb_manager，此时在Code文本框中也将自动显示tb_manager，其他选择默认即可。（5）选择Columns选项卡，首先单击列输入列表的第一行，将自动转换第一行为编辑状态，然后在 Name列输入字段名称为ID，同时Code列也将自动显示为ID，再在Data Type列中选择int选项，最后选中P列的复选框将该数据表字段设置为主键，此时M列的复选框也将自动被选中，它约束字段值不能为空。（6）按照步骤（5）的方法再添加两个列name和PWD，但是不需要选中P列复选框设置主键，如图1.15所示。（7） 在图1.15中单击“应用”按钮后，选择ID字段，单击左上角的 按钮，将打开Column Properties（列属性）对话框，默认选中General选项卡，在其中选中Identity复选框，此项操作用于设置ID字段使用自动编号。（8）单击“应用”按钮后，再单击“确定”按钮，关闭Column Properties对话框。（9）单击“确定”按钮，关闭Table Properties对话框，完成tb_manager表的创建。（10）按照步骤（3）~步骤（9）的方法创建本系统中的其他数据表，并通过主外键引用工具建立各表间的依赖关系。创建完成的模型如图1.16所示。uf040 技巧：在默认情况下，创建后的表模型中的全部文字均为常规样式的宋体8号字，如果想修改文字的格式，可以选中全部表符号，按Ctrl+T键，在打开的Symbol Format对话框中选择Font选项卡，从中设置相关内容的字体及样式和字号等。（11）选择PowerDesigner主菜单中的Database/Generate Database命令，将打开Database Generation对话框。在该对话框中设置导出的脚本文件的名称（如jxc.sql）及保存路径（如D:JXC），选中Script generation单选按钮，如图1.17所示。单击“确定”按钮，会在指定的路径中生成数据库脚本文件。（12）在图1.17所示的对话框中选择Direct generation单选按钮，可以使用ODBC数据源直接在数据库管理系统中生成数据表和视图。但是，必须先创建数据库的数据源，然后单击 按钮选择指定的数据源，并单击“确定”按钮。

这个数据库不存在吧，重新连接一次数据库实例，或者直接重启 ssms，这样之后，15010数据库应该是看不到了。

膜蛋白质在基础生理过程（如分子转运、信号转导、能量利用以及细胞和组织结构的维护）具有及其重要的作用。基因组序列中大约有30％的基因编码的是膜蛋白质，其中50％是目前已知药物的靶点。然而目前我们对膜蛋白质的结构和功能在分子水平上的了解还远不及可溶性蛋白质。目前PDB数据库中膜蛋白质的三维结构数量仅仅占所有结构的1％。而目前市场上超过50％的药物是通过膜蛋白质发挥作用的。膜蛋白质在天然生物体中的数量是非常低的。因此一般的天然生物体不太适合作为制备膜蛋白质的原材料。由于表达的目标蛋白质缺乏足够的插膜及折叠过程，或者缺少翻译后修饰，异原过表达的膜蛋白质经常表达量较低或者无活性。此外，过表达的膜蛋白对细胞还有毒害作用。因此，对膜蛋白质的表达、纯化和分析遇到了极大的挑战。出人意料的是，迄今为止大量的膜蛋白质，尤其是细菌来源的膜蛋白质，已经被成功的过表达、分离纯化并在分子水平上加以鉴定。而且，科学家们对几个来源于不同组织的膜蛋白质组的鉴定工作也已经完成。目前世界上有许多膜蛋白质实验室正在辛勤的劳动，对膜蛋白质进行遗传操作也已经开始出现。这些策略对于进行膜蛋白质研究是非常有用的。

这里，mol2topdbqs是为受体转化为pdbqs文件。一般来说，mol2是比较通用的文件格式。不过，由于autodock需要考虑受体的溶剂化效应，所以在autodock中用于对接的小分子需要pdbq与pdbqs格式。在autodock中有个程序为mol2topdbqs，可以直接转化mol2文件为pdbqs文件。在不同运行平台，由于awk的版本不同，运行略有不同。比如，在sgi irix中，直接使用mol2topdbqs命令就可以。这个其实是由两个命令构成的：％mol2topdbq macro.mol2 > macro.pdbq%addsol macro.pdbq macro.pdbqs但是在linux中，这个命令提示出错。不过，这个命令分解为两个命令就可以：$mol2fftopdbq macro.mol2 > macro.pdbq$addsol macro.pdbq macro.pdbqs对于小分子配体文件，要用deftors命令。用法$deftors lig.mol2会提示定义环，选1－>c－>c就可以了。这是针对单个配体文件来说的，如果对于数据库中的多个小分子，就需要编写循环脚本批量操作了。nci-3d中有已经准备好的pdbq格式的小分子，可以直接用于autodock的对接。我想你可以参考他们的批量转化方法。在autodock运行中，最占时间的是格点（grid）参数的计算。而每个小分子与受体作用的格点参数都是不同的。在JMC的两篇文章中(J Med Chem. 2005, 48: 2308-2318；J Med Chem. 2006, 49: 2417-2430)，同一个课题组发表了两篇文章，主要是以P450酶为靶点，对autodock的源代码进行修改，使不同原子类型的格点参数计算一次完成，然后，不同的小分子可以随时调用计算好的格点参数用于对接。这样就解决了虚拟筛选中每个分子重复计算格点参数的速度问题。在最近的一篇文章中（proteins,200665:549-554)，一个韩国课题组发表文章，利用autodock进行虚拟筛选，文章没有对格点计算方法进行详述，不过据我推想，他们应该也采用了jmc两篇文章的方法。jmc文章作者修改后的autodock源代码可以通过发邮件联系得到。同时，他们还通过修改源代码，实现了将水分子中氧上的氢键接受作用考虑在分子对接中（在原代码中，只能考虑水分子的氢键供体作用）。上海药物所曾经在论坛中发过一段脚本，通过循环来利用autodock进行虚拟筛选。这个极有参考意义。不过脚本中需要对数据库中的每个小分子都计算格点能，这可能会使虚拟筛选时间大大延长。

榇胛募。业务逻辑处理层的代码。.sln：解决方案文件，为解决方案资源管理器提供显示管理文件的图形接口所需的信息。.csproj:项目文件，创建应用程序所需的引用、数据连接、文件夹和文件的信息。.aspx：Web 窗体页由两部分组成：视觉元素（HTML、服务器控件和静态文本）和该页的编程逻辑。Visual Studio 将这两个组成部分分别存储在一个单独的文件中。视觉元素在.aspx 文件中创建。.ascx：ASP.NET的用户控件（也叫做“pagelets”），是作为一种封装了特定功能和行为（这两者要被用在Web应用程序的各种页面上）的Web页面被开发的。一个用户控件包含了HTML、代码和其他Web或者用户控件的组合，并在Web服务器上以自己的文件格式保存，其扩展名是*.ascx。ASP.NET里的缺省配置并不允许Web客户端通过URL来访问这些文件，但是这个网站的其他页面可以集成这些文件里所包含的功能。.aspx.cs：Web 窗体页的编程逻辑位于一个单独的类文件中，该文件称作代码隐藏类文件（.aspx.cs）。.asax：Global.asax 文件（也叫做 ASP.NET 应用程序文件）是一个可选的文件，该文件包含响应ASP.NET 或 HTTP 模块引发的应用程序级别事件的代码。.config：Web.config 文件向它们所在的目录和所有子目录提供配置信息。.aspx.resx/.resx：资源文件，资源是在逻辑上由应用程序部署的任何非可执行数据。通过在资源文件中存储数据，无需重新编译整个应用程序即可更改数据。.XSD:XML schema的一种.从DTD,XDR发展到XSD。.pdb:PDB（程序数据库）文件保持着调试和项目状态信息，从而可以对程序的调试配置进行增量链接。.suo:解决方案用户选项,记录所有将与解决方案建立关联的选项，以便在每次打开时，它都包含您所做的自定义设置。.asmx:asmx 文件包含 WebService 处理指令，并用作 XML Web services 的可寻址入口点。.vsdisco（项目发现）文件基于XML的文件，它包含为Web 服务提供发现信息的资源的链接 (URL)。

SYS用户：当创建一个数据库时，SYS用户将被默认创建并授予DBA角色，所有数据库数据字典中的基本表和视图都存储在名为SYS的方案中，这些基本表和视图对于Oracle数据库的操作时非常重要的。为了维护数据字典的真实性，SYS方案中的表只能由系统来维护，他们不能被任何用户或数据库管理员修改，而且任何用户不能在SYS方案中创建表。SYSTEM用户：SYSTEM与SYS一样，在创建Oracle数据库时，SYSTEM用户被默认创建并被授予DBA角色，用于创建显示管理信息的表或视图，以及被各种Oracle数据库应用和工具使用的内容表或视图。DBSNMP用户：看到SNMP（简单网络管理协议）就知道这个用户大概是干什么的了。DBSNMP是Oracle数据库中用于智能代理（Intelligent Agent）的用户，用来监控和管理数据库相关性能的用户，如果停止该用户，则无法提取相关的数据信息。PDBADMIN用户：看到PDB（Pluggable Database，可插拔数据库）就知道它大概是干什么的了。安装12c时选择了“create the database as a CDB”会要求设置PDBADMIN的口令，PDBADMIN是可插拔数据库中的一个共用角色，用于可插拔数据库的管理。

.dsp：VC开发环境生成的工程文件，文本格式。 .dsw：VC开发环境生成的项目文件，用来把多个工程组织到一个项目中，文本格式。 .dat:没有特殊的规定，data的简写，一般用来保存程序运行或工程所需的数据，在不同软件中意义不一。

你装example了吗？示例库需要单独安装，官网提供安装文件下载，下完装上。

这个不是基因的图，这个是蛋白模型图。这个是根据解析出来的蛋白结构而做成的蛋白结构图，你可以到PDB数据库上去已解析的结构，然后用将其展示出来。可以展示的有很多，比如DeepViewer、PDB Viewer、PyMol等等。

基因组注释分析主要包括哪些内容基因组注释包括以下方面的内容：（1） 重复序列的预测。通过比对已知的重复序列数据库，找出序列中包含的重复序列，识别类型并转化为N或者X，统计各种类型重复序列的分布。（2） 编码基因的预测。通过将转录组或EST数据比对到拼接后的基因组序列上，找出编码基因位置，预测编码基因结构。或者通过专业的外显子预测软件，预测编码基因的外显子结构。（3） 小RNA基因的预测。通过比对已知的小RNA的数据库，或者通过生物信息(bioinformation)学软件预测，找出这些小RNA基因，并进行分类。（4） 调控序列和假基因的预测。基因功能的注释，使用的数据库包括NT/NR, SwissProt/TrEMbl, InterPro, KEGG, COG, Gene ontology等，使用比对的方法，如blast，找出同源相近的基因，并注释功能。