16S rDNA是什么?它具有特异性么?不同的物种有不同的16

这么说吧,NCBI是个乱七八糟的地方,很多序列是不可信的.
你只看匹配率就行了,其他不用管.
比如我分离得到的一个新的细菌,比对之后发现最相近的是是E.coli,但是其实相似度最高也不过92%,换句话说,我分离得到的这个细菌根本不是埃希菌属的,但是NCBI上提交序列的时候必须要求你填写属名,否则好多序列都是gen.sp.了,不成了废话了么?好吧,那写就写吧,写啥?我只能硬着头皮写我分离的这个菌是E.sp.
然后你也分离得到一株菌,和我的其实是一个属的,很相近,只不过这个属还没有建立起来,然后你上NCBI比对,就纠结了,怎么会是埃希菌呢?因为我写了埃希菌,所以你也变成埃希菌了.
情况就是这么个情况.
咋办?
有两个办法,一个是你谷歌搜索Eztaxon,进去第一个就是,那是个韩国人建立的个人网站,是对NBCI的序列进行了筛选,只留下IJSEM认可的,也就是国际公认的标准菌株的16s序列.这就比NCBI靠谱.但是毕竟是个人网站,难免有纰漏和更新不及时的问题.
所以有第二个办法,上http://www.***.org ,这是地球上最权威的细菌和古菌分类白皮书,隔几年更新一次,对照它你看看NCBI和韩国人那个网站的比对结果有没有错误,缺少或者冗余的序列,修改、增加或者剔除.最后再比对.当然最好是构建系统发育树,比单纯的序列比对靠谱多了.
最后你就发现,天啊,怎么那么烦啊.悲剧的是,事实就是那么烦.
哦,对了,忘了说了,因为白皮书实在是太权威了,包括棒子那网站,更新比较慢,有些新近发表或者准备发表的文章的菌种还来不及收录,你还得上IJSEM的网站上去查最近发表的或者in press的文章有没有相关的序列.
其实这个活应该是要在上面的基础上构建系统发育树的,如果认真按照规范最好的话,起码得付万把块钱的工资,因为实在是太烦了.>_

最佳答案16SrDAN是编码原核生物核糖体小亚基rRNA（16SrRNA）的基因. 长度约为1500pb,是细菌分类学研究中最常用、最有用的“分子钟”,其序列包含10个可变区（variable region）和与之相同的11个恒定区（constant region）,可变区因细菌而异,且变异程度与细菌的系统发育密切相关[1-3],Trand等通过对27株原核生物16SrDNA的比对发现其中至少在9个高度保守的寡聚体（oligomers）；较之23SrDNA等看家基因而异,它具有分子大小适中,突变率小等优点,素有“细菌化石”之称[2,4].Woese等[3]与Olsen等[4]基于对16SrDNA的分析构建了现已被分认的全生命系统进化树,越来越多的细菌依据16SrDNA被正确分类或重分类,尤其是许多环境中的细菌[5.6],如Funke等将棒杆菌依赖细胞毒性1组及类似棒杆菌重新确定为放线菌的一个新种,即钮氏放线菌中,Bennasar等通过比较14株施氏假单胞菌的7基因型（DNA-DNA杂交同源组）,发现SP1402T（T为模式株）和SL401与施氏假单胞菌模式株明显不同,从而命名为一个新种称巴利阿里假单胞菌（Pseudomonas balearica）[2]；有的研究者还根据种内菌株间的RFLP而将各菌分为不同的核酸型（ribotype,RT）[7].
求采纳

因为16s rDNA是连接在TA克隆上,测序的时候测得是TA克隆上的片段,不会测出载体菌（如E.coli）的DNA序列.

看你用什么软件来分析了
一般使用mega、paup等来构建进化树,简单说,就是将你研究的类群以及相关类群的16s rDNA序列进行比对,然后采用某个模型（软件中都有选项）来构建

我来解释一下：
首先是各个字母的含义：
16S中的"S"是一个沉降系数,亦即反映生物大分子在离心场中向下沉降速度的一个指标,值越高,说明分子越大.
rDNA 和rRNA中的小写字母"r"是ribosome(核糖体)的缩写.
rDNA指的是基因组中编码核糖体RNA（rRNA）分子的对应的DNA序列,也就是编码16S rRNA的基因.
rRNA指的是rDNA的转录产物,它是构成核糖体的重要成分,核糖体由许多小的rRNA分子组装而成,16S rRNA是其中一个组件.
一般所分析的对象都是16s rDNA,因为DNA提取容易,也比较稳定.

可以通过培养细菌,根据两种细菌形态分离后再测
或者使用高通量都一次测后使用序列比对/回贴技术还原即可
不知道你的目的是什么,如果已知细菌的序列,可以通过设计特异的引物,分别扩增出细菌的基因,再对相应的产物进行测序
还有,其他没想到的方法等~

细菌的16S rDNA序列测定基本都能鉴定到属,由于16s的基因序列长度有限,可变区也有限,只有1500bp左右,只有部分细菌能鉴定到种.如要鉴定到种可结合16s-23s可变区进行,但有些细菌的该区域还没完成测序.

有很多方法,可以下载软件也可以在线构建.
在线构建可将你的序列输入PUBMED的Blastn中进行对比,结果中有一种就是系统发育树,但里面残余对比的序列太多,逆序挑选一下.
软件有很多,比较简单的是DNAstar中的Megalin,但结果比较粗.
推荐用Clustal X软件进行同源性比对后,运用MEGA3.0软件进行系统发育分析并绘制系统发育树,也很简单,看看说明就会.
比较公认的严谨的是philip系列软件,但操作复杂.

这是为了获得16s rDNA从引物27F到1492R之间的全长序列而设计的步骤.
目前的DNA测序技术无法识别序列刚开始的几十个bp,所以需要进行这步TA克隆,将无法识别的序列移到载体质粒上,从而测出序列起始的那几十个bp.