illumina

**不是**，skinillumination不是隔离。它是专门用来保湿的产品，与隔离霜的作用和功效完全不同。隔离霜的主要作用是在面部皮肤上形成一层薄薄的保护膜，而skinillumination则是用来保湿的产品。因此，两者不是同一种东西。

歌曲名:Illuminated歌手:Miami Horror专辑:Illumination「illumina」原曲：梦殿大祀庙/东方神霊庙収録：(C81)(ALiCE"S EMOTiON - Ghost Region)作词：三泽秋／编曲：REDALiCE歌：三泽秋ah　どれほどの时间が　ねえ私に积もってくずっと　穏やかな眠りを　见つめ続けていためぐる时は味気なくて　砂のようにさらり　崩れやすくて失いたくないものなど多くはないたったひとつの愿いごとよ変わらずに大地は季节を恵み私だけ残して移りゆくいつかまた出会える时に誓おうきっと共にあれるようにとこの星空にまたたく　限りない无数の火をずっと　祈るように仰ぎ　见つめ続けていた长い时にもろい身体　砂のようにさらり　壊れやすくて失いたくないものだけ守るためにたったひとつの命捧ぐ変わらない母なる海の调べが响いては心を愈してくいつかまた出会える约束の日にきっと笑颜でいられるよう変わらずに吹く风　命を运び置き去りの心を愈してくいつかまた出会える时に誓おうきっと共にあれるようにと终わりhttp://music.baidu.com/song/8103151

歌曲名:Illumination歌手:Miami Horror专辑:Bravado (Ep)群66032164: 木偶、MMJ、紫羽I reach for the strengthIn my damaged soulWeakened by the valuesSet by us allLife was nothing worthWithout the fixFill me upOr leave me to dieInsomnia takes its tollDon"t let me fade anymoreMy existence is shakenTo the very coreAltered I standWith all the answers goneYour reaction is my illuminationTo find serenityInsomnia takes its tollDon"t let me fade anymoreYour reaction is my illuminationI"ll find serenityInsomnia takes its tollDon"t let me fade anymoreDon"t let me fade anymoreInsomnia takes its tollDon"t let me fade anymoreDon"t let me fade anymore珞珈山梦境联盟http://music.baidu.com/song/2857713

可以设置。首先在BIOS中把NumLock项设为Enable，然后在BIOS中将PnPWithOS项亦设为Enable即可，不过注销用户时NumLock小键盘锁是关闭的，要手工打开，打开注册表编辑器，找到HKEYUSERSDEFAULTControlPanelKeyboard，将它下面的InitialKeyboardIndicators的键值改为2，退出注册表编辑器，重新启动计算机即可。

《The Illumination》（Kevin Brockmeier）电子书网盘下载免费在线阅读链接: https://pan.baidu.com/s/128pM39AmOBE671-JkOthuw 提取码: 94eb书名：The Illumination作者：Kevin Brockmeier出版社：Pantheon出版年份：2011-2-1页数：272内容简介：From best-selling and award-winning author Kevin Brockmeier: a new novel of stunning artistry and imagination about the wounds we all bear and the light that radiates from us all.What if our pain was the most beautiful thing about us? In the aftermath of a fatal car accident, a private journal of love notes written by a husband to his wife passes into the keeping of a hospital patient, and from there through the hands of five other suffering people, touching each of them uniquely. I love the soft blue veins on your wrist. I love your lopsided smile. I love watching TV and shelling sunflower seeds with you.

仪表照明的意思。

　　illumination　　英[u026au02cclu:mu026au02c8neu026au0283n]美[u026au02cclumu0259u02c8neu0283u0259n]　　n.照明; 阐明，解释清楚; <物>照度; 彩饰，图案花饰;　　[例句]The only illumination came from a small window high in the opposite wall.唯一的亮光来自对面墙上高处的一扇小窗子。　　[其他]复数：illuminations

illumination照明双语对照词典结果：illumination[英][u026au02cclu:mu026au02c8neu026au0283n][美][u026au02cclumu0259u02c8neu0283u0259n]n.照明; 阐明，解释清楚; <物>照度; 彩饰，图案花饰; 复数：illuminations以上结果来自金山词霸例句:1.The data from the illumination experiments had never been rigorously analysed and were believed lost. 这些从照明实验中得到的数据从没经过严谨地分析，并且被认为已经遗失了。

应该是GOD IS A GIRL的歌词里出现的吧 illuminate 英音：[i"lju:mineit]1. 照亮;照射Moonlight illuminated the valley. 月光照亮了山谷。 2. 用灯装饰(房屋等)[(+with)]The streets were illuminated for the celebration. 街道为庆祝张灯结彩。 3. 阐明;启发We were greatly illuminated by the discussion. 这次讨论对我们启发很大。 4. 使辉煌;使容光焕发A smile illuminated her face. 微笑使她容光焕发。 5. 用金色(或鲜明色彩,图案等)装饰(起首字母,手稿等) eternally 英音：[i"t05:n05li] 永恒地;常常;不绝地

一、Solexa测序技术前世今生（——Illumina平台） Solexa高通量测序技术是由英国剑桥大学派生的Solexa公司建立起来的。该方法以单分子阵列技术为基础，是对合成测序技术的发展与延伸。 二、测 序 原 理 Solexa是一种基于边合成边测序技术（Sequencing-By-Synthesis，SBS）的新型测序技术。通过单分子阵列实现在小型芯片（FlowCell）上进行桥式PCR反应。通过可逆阻断技术实现每次只合成一个碱基，再利用相应的激光激发荧光集团，捕获激发光，从而读取碱基信息。 1）Flow Cell结构 2）可逆阻断技术 3）边合成边测序（SBS） a.加入测序引物 b.Cycles1 a)合成第一个碱基 b)清除未反应的碱基和试剂 c)激发荧光信号并读取 （可逆阻断技术的步骤） d)去除荧光基团和阻断基团 （可逆阻断技术的步骤） c.Cycle2……Cycle n 4）桥式PCR（——簇生成之“起始延伸”） 5）桥 式 PCR（——簇生成之“扩增”） 6）桥 式 PCR（——簇生成之“测序”） 7）碱基读取 三、工作流程 四、测 序 类 型 a)单端测序（single-read sequencing，SR） b)双端测序（Paired-endsequencing，PE） c)混样测序（Indexsequencing） 1）FollowCell 接头差异 Paired End Uracil Specific Excision Reagent (USER) 尿嘧啶切割位点 FormamidopyrimidineGlycosylase (fpg) 糖基化酶切割位点 Single Read Periodate Linearization 高碘酸盐切割位点 a）双 端 测 序 Paired-End sequencing（PE/双端测序） u2212检测基因片段两端的基因信息。 b）单 端 测 序 Single-read sequencing（SR，单端测序） u2212只检测基因片段一段的基因信息。 c）混 样 测 序 Index Sequencing：将多种样本混合测序 u2212充分利用solexa高通量测序特点。A：Adapter B：Fragment DNA C：Index seq primer D：Index E：Adapter五、仪 器 构 造 1）Miseq测序仪 六．测序结果展示 Fastq：Fastq是Solexa测序技术中一种反映测序序列的碱基质量的文件格式。 u2022Read 1 u2022Read 2

lane表示测序芯片上的一条流通槽,测序文库与试剂均在里面,测序信号的扫描也是按照一条lane上的一个tile进行. run翻译成中文是运行的意思,这里也是这个意思,就是机器运行一次的意思.

最明显的是字母就不同。

ighting 照明，光线的明暗，舞台灯光，计算机照明。为达到这种目的，作为零售商、商店有多种选择，但照明（Lighting）是最为有效的手段和相对便宜的投资，并且它最容易吸引和引诱目标顾客驻足、流连在你店铺的橱窗前！illumination照明，阐释，启发。...在牙科治疗，已整整慢了二十年，显微镜在根管治疗的运用是一门新学问，它利用显微镜放大（Magnification）及照明（Illumination）的功能可达到3倍至26倍的放大倍率，让医师可以清晰地看到牙齿内部的情形，因此当然可以提升根管治疗的成功率。

1.目的是要控制整个音乐圈，传媒及影视圈。2.Farrah Fawcett Sky Saxon James brown等等3.Eminem并没有直接说明，而是用暗示的方法揭露了事实，现在光明会已经对他冷淡了，这就是为什么eminem新发了几张专辑后知名度有所下降了，阿姆也在专辑中有所暗示，要脱离光明会，不过阿姆有可能会有生命危险。4.都是，仔细看图片，都有一个共同之处，就是每一个小图片都会拿手圈住眼睛，那么为什么要这样做呢，原因很简单，这样做，是为了暗示每一个艺人的眼睛，都会被一双手圈住，也就意味着，许多艺人无法看到光明会真正的面目，这就是为什么许多艺人在媒体发布会上说要想大红大紫，就先要用血和恶魔签约（这里的恶魔就是指光明会）。所以只要是大红大紫的艺人都是加入过光明会的。

Illuminate the SkyMP3歌词：I open the door for youSo you don"t have to useYour precious parts my dearI don"t want to see them burisedYour body"s a queen my dearResting by my sideNo need to rush awayYou"re free to take your timeI wish you stay I wish you staySo we could enjoy each other"s spaceNot to invadeOr to degradeBut to illminate the skyYou and I We"ll illuminate the skyPlease can I pour you some wineJust to cool you downYou"ve never looked so fineAs in that silken gownDance,dance,dance with meI love to see you smileAnd move,move,move with meI"ll hold you like a child I wish you stay I wish you staySo we could enjoy each other"s spaceNot to invadeOr to degradeBut to illminate the skyYou and I We"ll illuminate the skyNever again will I let you down noNever again will you wear that frown noI will make sure that we stay up highAnd illuminate the skyI wish you stay I wish you staySo we could enjoy each other"s spaceNot to invadeOr to degradeBut to illminate the skyYou and I We"ll illuminate the skyYou and I We"ll illuminate the skyYou and I We"ll illuminate the sky我为你打开大门所以你不需要使用亲爱的你的珍贵的部分我不想看到他们buris你的身体亲爱的女王躺在我身边不用着急了你可以慢慢来我希望你保持我希望你保持所以我们可以享受彼此的空间不入侵或降低但illminate天空你和我我们会照亮天空请再给你倒点酒只是给你降温你从来没有看起来那么好如绸衣跟我跳舞,跳舞,跳舞我喜欢看到你的笑容跟我和移动,移动,移动我将把你像一个孩子我希望你保持我希望你保持所以我们可以享受彼此的空间不入侵或降低但illminate天空你和我我们会照亮天空我再也不会让你失望的你再也不会穿不皱眉我将确保我们保持高,照亮天空我希望你保持我希望你保持所以我们可以享受彼此的空间不入侵或降低但illminate天空你和我我们会照亮天空你和我我们会照亮天空你和我我们会照亮天空

interpret是翻译，口译，illuminate是阐明

歌曲名:Illuminate歌手:sea of sin专辑:Urban Chemistry「illumina」原曲：梦殿大祀庙/东方神霊庙収録：(C81)(ALiCE"S EMOTiON - Ghost Region)作词：三泽秋／编曲：REDALiCE歌：三泽秋ah　どれほどの时间が　ねえ私に积もってくずっと　穏やかな眠りを　见つめ続けていためぐる时は味気なくて　砂のようにさらり　崩れやすくて失いたくないものなど多くはないたったひとつの愿いごとよ変わらずに大地は季节を恵み私だけ残して移りゆくいつかまた出会える时に誓おうきっと共にあれるようにとこの星空にまたたく　限りない无数の火をずっと　祈るように仰ぎ　见つめ続けていた长い时にもろい身体　砂のようにさらり　壊れやすくて失いたくないものだけ守るためにたったひとつの命捧ぐ変わらない母なる海の调べが响いては心を愈してくいつかまた出会える约束の日にきっと笑颜でいられるよう変わらずに吹く风　命を运び置き去りの心を愈してくいつかまた出会える时に誓おうきっと共にあれるようにと终わりhttp://music.baidu.com/song/15066657

illuminateKK: []DJ: []vt.1. 照亮;照射Moonlight illuminated the valley.月光照亮了山谷。2. 用灯装饰(房屋等)[(+with)]The streets were illuminated for the celebration.街道为庆祝张灯结彩。3. 阐明;启发We were greatly illuminated by the discussion.这次讨论对我们启发很大。4. 使辉煌;使容光焕发A smile illuminated her face.微笑使她容光焕发。5. 用金色(或鲜明色彩,图案等)装饰(起首字母,手稿等)vi.1. 照亮2. 用灯装饰3. 兴奋

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enlighten 主要是启发、教导、开导、授予...知识的意思，give more knowledge or information to sb; free sb from false beliefs or ignorance，无“照明”之义。illuminate主要是“照明”的意思，provide (sth) with light ，引申义为“用灯装饰、使容光焕发”另外还有说明、阐释、启发，make (sth) clear; help to explain用作启发时，enlighten与illuminate可以互换：例：We were greatly illuminated/enlightened by the discussion. 这次讨论对我们启发很大。

illumine照明, 点亮, 使明艳照人, 启发illuminate照明, 照亮, 阐明, 说明, 使灿烂, 以灯火装饰(街道等)上面的多指启示或指导人生方向用,如我为你的人生之路照亮前程下面的用于物体发光发明,如我们城市的灯光很亮,或路灯很亮等

illuminate照明,照亮,阐明,说明,使灿烂,以灯火装饰(街道等) ,用于物体发光发明,如我们城市的灯光很亮,或路灯很亮等.

illumine照明, 点亮, 使明艳照人, 启发 多指启示或指导人生方向用,如我为你的人生之路照亮前程illuminate照明, 照亮, 阐明, 说明, 使灿烂, 以灯火装饰(街道等)用于物体发光发明,如我们城市的灯光很亮,或路灯很亮等

illuminate照亮双语对照词典结果：illuminate[英][u026au02c8lu:mu026aneu026at][美][u026au02c8lumu0259u02ccnet]

illuminate 英[u026a"lu:mu026aneu026at]美[u026au02c8lumu0259u02ccnet]vt. 照亮，照明;阐明，说明;装饰;使灿烂vi. 照亮第三人称单数:illuminates;过去分词:illuminated;现在分词:illumin...[例句]The warm glow of pink cadillacs will illuminate our southern nights.粉色凯迪拉克的车头灯会照亮我们这座南方城市的夜晚。

adj. 被照明的v. 照明；启发；兴奋是 illuminate的过去分词1.He was greatly illuminated by the works. 该作品让他受到很大启发。

测序reads 是miseq 的20倍左右，有高通量模式和快速模式，但是测序长度短，深度深。

* 回复内容中包含的链接未经审核，可能存在风险，暂不予完整展示！ 歌曲名:Illuminate歌手:Orbital专辑:The Altogether「illumina」原曲：梦殿大祀庙/东方神霊庙収録：(C81)(ALiCE"S EMOTiON - Ghost Region)作词：三泽秋／编曲：REDALiCE歌：三泽秋ah　どれほどの时间が　ねえ私に积もってくずっと　穏やかな眠りを　见つめ続けていためぐる时は味気なくて　砂のようにさらり　崩れやすくて失いたくないものなど多くはないたったひとつの愿いごとよ変わらずに大地は季节を恵み私だけ残して移りゆくいつかまた出会える时に誓おうきっと共にあれるようにとこの星空にまたたく　限りない无数の火をずっと　祈るように仰ぎ　见つめ続けていた长い时にもろい身体　砂のようにさらり　壊れやすくて失いたくないものだけ守るためにたったひとつの命捧ぐ変わらない母なる海の调べが响いては心を愈してくいつかまた出会える约束の日にきっと笑颜でいられるよう変わらずに吹く风　命を运び置き去りの心を愈してくいつかまた出会える时に誓おうきっと共にあれるようにと终わりhttp://music.b***.com/song/9206436

不清楚这个易瑞什么来路，目前的基因检测主要有2类，一类是通过SNP位点（基本上是以SNP芯片为手段，也有针对单基因或少数几个基因位点的使用的是PCR加测序或分型的方式），还有一类是对全基因组进行测序，一般目前采用的是Hiseq X-ten测序。价格上第一种如果是几百万个SNP位点的一般是1000元左右，如果是单基因或少数几个基因的也就几十块钱。第二种全基因组测序的一般测序深度30X以上，90G左右数据，测序费用大概在8000左右，分析snp和Indel的变异费用在1000左右。但是，目前完全不建议做。因为SNP的变异与疾病和表型的研究完全不够充分。单基因的遗传疾病根本不用测序自己就看出来了，多基因的复杂疾病基因遗传因素所占比例有限，只是一个相关概率问题，而且即便知道了也没什么手段，早点拿到的数据也是一堆ATCG和SNP变异和所谓风险值。还有测序和数据分析费用在飞速下降，目前上万的全基因组测序同样的数据可能1年后只用几百块，真正有效的解读也还要等到几年后，没必要花这个冤枉钱。但是以下人群有这个切实需要：肿瘤的突变分型（目前并没有特别靠谱的高通量测序产品，主要还是基于荧光定量PCR的检测试剂盒），新生儿的遗传病筛查（看个人接受程度）

在fastq文件里，会用4行文本来表示一条序列： 在fastq文件里，会用4行文本来表示一条序列： 其中第一行文本是序列的名称（read name 或者说read ID），包含了非常多有用的关键信息，每部分信息之间用 ":" 分隔开，从左到右依次看过去： SIM 表示 instrument ID（即测序仪的硬件ID） 1 表示 run number（该测序仪上的测序顺位数字？） FCX 表示 followcell ID（测序芯片的ID） 1 表示 lane ID（第几条lane） 15 表示 Tile number（Tile数字） 6329 表示 X coordinate of cluster（桥式PCR生成的簇的横坐标） 1045 表示 Y coordinate of cluster（簇的纵坐标） GATTACT+GTCTTAAC 表示 read1 UMI ID + read2 UMI ID（拆分数据的UMI序列） 1 表示 read number，1 表示read1，2表示read2 N 表示 Y if the read is filtered (did not pass), N otherwise.（N表示合格，Y不合格） 0 表示 control number（在HiSeq X and NextSeq平台上总是为0） ATCCGA 表示 index（拆分数据用的index序列） 解释名词 SBS：边合成边测序反应，每次SBS会延伸一个碱基，大约耗时70分钟。 Run：单次上机测序反应，可以产生4G-75G测序通量不等。 Lane：单泳道，每条泳道可以直接物理区分测序样品，1次run最多可以同时上样8条Lane。 Channel：Lane的同义词。 Tile：每次荧光扫描的最小单位，小区，每条Lane中排有2列tile，合计120个小区。每个小区上分布数目繁多的簇结合位点。 Cluster：簇，在Solexa测序技术中会采用桥式PCR方式生产DNA簇，每个DNA簇才能产生亮度达到CCD可以分辨的荧光点。 Index：标签，在Solexa多重测序（Multiplexed Sequencing）过程中会使用Index来区分样品，并在常规测序完成后，针对Index部分额外进行7个循环的测序，通过Index的识别，可以在1条Lane中区分12种不同的样品。 Barcode: Index同义词 Hiseq 2000 与 2500比较： 2000的通量600G/RUN,2500的通量120G/RUN 2000有2个flowcell,每个flowcell8个lane 2500的也是2个flowcell，快速模式中每个flowcell2个lane，每个lane产出30G数据量

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他们是两家不同公司的测序平台1.原理illumina的Hiseq2000和454都是通过单序列的扩增放大信号，只是Hiseq2000中间有桥式扩增，可以两头测序。测序长度来讲，Hiseq2000一般为1X100和2X100的模式，而454平均500bp左右，最长700左右，测序准确度来讲Hiseq的测序准确度稍高一些，454由于在测序的过程每次是加一种碱基，所有如果是单碱基重复，比如AAAA，那么区分几个A的准确性就会下降。2.数据分析和应用方向数据分析相差不大，只是不同的软件，应用方面两者各有优势，Hiseq2000数据适应性更高。454一般是宏基因组种群丰度测序上应用更好一些，不过illumina也有MIseq代替。3.通量和价格HISEQ2000的通量要高一些，价格比454便宜很多。综合来讲454现在应用面比较窄了，所以在市场上现在也慢慢被代替掉了。现在耗材和试剂也很快就停服务了。不过Hiseq现在市场上也都2500居多了，并且现在也有新的的技术更新的3000和4000。说实话现在Hiseq2000也很少了。

他们是两家不同公司的测序平台1.原理illumina的Hiseq2000和454都是通过单序列的扩增放大信号，只是Hiseq2000中间有桥式扩增，可以两头测序。测序长度来讲，Hiseq2000一般为1X100和2X100的模式，而454平均500bp左右，最长700左右，测序准确度来讲Hiseq的测序准确度稍高一些，454由于在测序的过程每次是加一种碱基，所有如果是单碱基重复，比如AAAA，那么区分几个A的准确性就会下降。2.数据分析和应用方向数据分析相差不大，只是不同的软件，应用方面两者各有优势，Hiseq2000数据适应性更高。454一般是宏基因组种群丰度测序上应用更好一些，不过illumina也有MIseq代替。3.通量和价格HISEQ2000的通量要高一些，价格比454便宜很多。综合来讲454现在应用面比较窄了，所以在市场上现在也慢慢被代替掉了。现在耗材和试剂也很快就停服务了。不过Hiseq现在市场上也都2500居多了，并且现在也有新的的技术更新的3000和4000。说实话现在Hiseq2000也很少了。

Q1：mRNA高通量测序，选择Illumina HiSeq 2000平台。Q2：样本有混杂，不能期望后期数据分析来除杂。

我靠，大哥，你是做小麦基因组的吗？哪个实验室啊？膜拜啊，这么复杂的基因组。L50指的是N50序列的长度。

Illumina的测序仪是以flowcell进行测序的，一般的一张flowcell是一个run，像Hiseq2500的话是2张flowcell，也就是一次运行的测序量。每张flowcell上通常都有多个通道，每个通道可以单独测不同的样品，这样的通道就是lane。

链特异性转录组测序（strand-specific RNA sequencing）是指在构建测序文库时，利用Illumina高保真Taq酶将mRNA链的方向信息保存到测序文库中。测序后的数据分析可确定转录本是来自正义还是反义DNA链。与普通转录组测序相比，它更能准确地统计转录本的数量和确定基因的结构，同时可以发现更多的反义转录本，目前被广泛地应用于研究基因结构和基因表达调控等领域范围。

BaseSpace is Illumina"s genomics cloud computing environment for next-generation sequencing (NGS) data analysis. Now biologists and informaticians can easily and securely analyze, archive, and share sequencing data. NGS data analysis is simplified and accelerated with push-button tools. Cumbersome and time-consuming data transfer steps are eliminated. Productivity is improved. 摘自illumina官网。BaseSpace就是云计算环境了。具体你去官网查查吧！竟然在百度问这么专业的问题，厉害！

在准备NGS文库的时候，会有用到转座酶Tn5， Nextera DNA Library Preparation Kit ，比如ATAC-seq就有用到这个Tn5。转座酶携带有特定的序列称为 转座子Transposon 。 下面是ATAC-seq的工作原理，想必听说过ATAC-seq的，对这个图都会再熟悉不过了。 Tn5是kit里面带有的，没什么大不同。ATAC-seq 的barcoded primers （adaptors）会有一些不同，接下来，看下图中的每段序列对应的sequnce都是什么。 下面图例，Nextera tn5用来给基因组DNA加adaptors。 下面的图片就是准备ATAC-seq时候需要用到的index primer （adaptor），和Nextera DNA library prep kit里的有一点类似，但是也很不同。Ad1_noMX是Forward 引物，没有index （barcode），所以只有一个。Reversed引物有24个Ad2.（1-24），所以有24组不同的index （barcode）序列。这个index序列是和Nextera一样的。我涂红色部分就是index序列的反向反义序列，每个index序列是不同的8个碱基，这个和Nextera的i7（部分一样，请自己对照）是一样的。 i5 sequence: ATAC-seq的Adaptor1 里没有barcode i7 sequence: 有两种Adaptors，分别为Adaptor1 （50bp） 和Adaptor2 （53bp）。 其中Adaptor1（5" illumina Primer1 sequence （29bp）+ Tn5 Read1 sequence（14bp）（再延伸到ME里面7bp）3"），Adaptor2（5" illumina Primer2 sequence（24bp）+ barcode sequence （8bp）+ Tn5 Read2 sequence （15bp）（再延伸到ME里面6bp）3"） 这样算来，ATAC-seq library的长度=左面（Adaptor1 长度 +剩余部分Tn5的ME（12 bp_TATAAGAGACAG））+ open chromatin 的DNA长度+右面（剩余部分Tn5的ME（13bp_GTATAAGAGACAG）+ Adaptor2 长度）=open chromatin 的DNA长度 + 128bp。 所以，在ATAC-seq的libraries中 mono nucleosome的ATAC-seq library长度大概是(单核小体146bp+核小体free region)+两端的adaptor及Tn5最里面部分ME序列长度（50bp+12bp+13bp+53bp）=274bp+free region，也就是bioanalyzer里面看到的第二个peak。图中显示大概是340bp左右。所以free region应该是330bp-274bp=56bp 。 那么会问，对不对呢？看下bioanalyzer的第一个peak，显示是182bp，这个peak代表的是nucleosome free region的ATAC-seq library，所以是nucleosome free region序列长度 + 两端的adaptor及Tn5部分ME序列长度（50bp+12bp+13bp+53bp）=182， 所以，不难得出同样的结果，nucleosome free region序列长度是54bp。差不多哦 以此类推，第三个peak代表de-nucleosome ， 500bp到550 bp之间，是不是等于两个核小体长度加上核小体空隙序列再加上两个adaptor， 2 146bp + 2 55bp + 128bp= 530bp （为什么55bp也要乘2？答：多出来一个核小体当然就多出来一份核小体空隙） nucleosome free region, mono-nucleosome, de-nucleosome and try-nucleosome “GAP不是服装品牌，而是个坑”。 所以需要在PCR第一步，需要5min的72摄氏度来填坑。 还要注意，就是在tagmentation的时候会出现三种产物，上面的图只是其中一种。 哪里说的不对欢迎纠正，请留言。 参考： http://ecoliwiki.net/colipedia/index.php/Transposon_Tn5 http://nextgen.mgh.harvard.edu/attachments/Nextera%20Protocol.pdf https://teichlab.github.io/scg_lib_structs/SMART-seq_family.html http://www.epibio.com/docs/default-source/protocols/ez-tn5-transposase.pdf?sfvrsn=4

可能是你的pcr比较短，一个测序反应就可以了，同时你没有要求测通，因为由于测序原理的原因，从测序引物开始的前几十个碱基是不准或者测不到的，所以如果想知道一个pcr的全部序列就需要一对引物进行双向测序，另一条引物可以是你的扩增引物也可是根据已测序列设计的反向引物。

歌名：Please演唱：StaindCan"t you see that I"m sick of this?Chances are you"re obliviousTo how I feel, Sitting on your throneAnd I"m sure that I"m not alone,not alone, not aloneTell me please, who the fuck did you want me to be?Was it something that I couldn"t see?Never knew this would be so politicalAnd please, I"m still wearing this miserable skinAnd it"s starting to tear from withinBut it"s obvious that doesn"t bother youSo pleaseI didn"t think that you"d sell me outNow I know what you"re all aboutYou might feel in control of thingsBut you"re not holding all the strings,all the strings, all the strings...Tell me please, who the fuck did you want me to be?Was it something that I couldn"t see?Never knew this would be so politicalAnd please, I"m still wearing this miserable skinAnd it"s starting to tear from withinBut it"s obvious that doesn"t matter to youI swallowed all your answers;I"ve swallowed all my prideYou"ve used up all your chances,To keep this all insideTell me please, who the fuck did you want me to be?Was it something that I couldn"t see?Never knew this would be so politicalAnd please, I"m still wearing this miserable skinAnd it"s starting to tear from withinBut it"s obvious that doesn"t bother youSo please, don"t keep telling me that it"s okayI don"t buy all the shit that you sayAnd quite honestly I"m fucking sick of itSo please, if I cut off this nose from my faceThen I wouldn"t feel so out of placeBut it still wouldn"t be quite enough for you,So please(End)http://music.baidu.com/song/7516387

illumina的接头分叉是因为避免接头一直连接，另外在上flowcell的时候，两个接头需要和芯片上的olgo探针杂交，需要两头不一样的序列，所以illumina的接头为Y结构。

illumina的平台所用的片子叫做flow cell，一各flow cell有8个lane（这8个lane是相互独立的）。一各flow cell叫一个run。也就是说一各run包括8个lane。

<meta charset="utf-8"> FASTQ文件在Illumina下通常会被命名为 SampleName_S1_L001_R1_001.fastq.gz 比如 NTC_S11_L001_R1_001.fastq.gz 其被下划线_分为了五个部分： 第一部分：SampleName，样本名，与上机时在Sample Sheet中填写的一致 第二部分：S1，S* ，S后跟的数字与样本在Sample Sheet中的顺序一致，从1开始。不能分配到确定样本的read会归到S0（Undetermined_S0） 第三部分：L00 ，泳道lane的编号 第四部分：R，R1表示read1，R2表示read2。R1和R2为paired end reads。同一个样本的配对的FASTQ，只有这个地方不同 第五部分：001，通常为001 Each entry in a FASTQ file consists of four lines: u2022 Sequence identifier u2022 Sequence u2022 Quality score identifier line (consisting of a +) u2022 Quality score Sequence identifier @<instrument>:<run number>:<flowcell ID>:<lane>:<tile>:<x-pos>:<y-pos><read>:<is filtered>:<control number>:<index sequence> eg: Quality score The character "!" represents the lowest quality while "~" is the highest. Here are the quality value characters in left-to-right increasing order of quality (ASCII):

lane表示测序芯片上的一条流通槽,测序文库与试剂均在里面,测序信号的扫描也是按照一条lane上的一个tile进行. run翻译成中文是运行的意思,这里也是这个意思,就是机器运行一次的意思.

illumina 的接头是两头都接上,illumina测序中有成簇这一步,需要两头接头 不过illumina测序分为单端和双端,单端的话虽然接了两个接头,但是只有一个接头有测序引物.双端测序双端都有测序引物.

Illumina的测序仪是以flowcell进行测序的，一般的一张flowcell是一个run，像Hiseq2500的话是2张flowcell，也就是一次运行的测序量。每张flowcell上通常都有多个通道，每个通道可以单独测不同的样品，这样的通道就是lane。Hiseq2500的一张flowcell有8条通道，也就是8个lane。如果上机前使用cbot的话可以每条lane都跑不同的样品，互不干扰，如果直接上机进行快速模式的话就无法区分不同样本了。

1.测序原理依然是CG一直用的Sequencingbyligation(SBL)而非illumina家明显占优势的Sequencingbysynthesis(SBS)。虽然CG在前一段时间买了SBS的专利，但在这款测序仪上明显没有使用。28bp的读长应该是4个7mer连起来的长度。2.读长是28bp。50xcoverage一个WGS，每年10000个WGS，一个run跑8天来算的话，一个run的通量大概是32.8T，就数据量讲，绝对是测序仪中航母的体量的#当然占地面积更是#。准确度按照官方的话说应该是“unbelievableaccuracy”，大概错误率是1E-6这个级别，显然是比任何面试的测序仪正确率都远远要高。但是请不要忽略了CG这台测序仪的读长只有28bp，而请考虑把illumina的读长从250bp和150bp砍到28bp再比较正确率的情况。3.1先说优势。数据产量巨大，因而单位成本一定很低，适合做人类基因组的重测序。CG打从出生就标榜是“人类基因组重测序的最佳测序平台”。28bp的读长，复杂度低的“人类”基因组（或是外显子组）处理起来尚且算是得心应手。28bp只能做重测序，组装什么的还是撸撸睡吧。而对于NIPT以及类似的技术，测序过程就是“堆砌数据量”，仅需检测拷贝数变化而不关注覆盖度和SNP水平的变异，CG这款新机器可能是非常好的选择（我不是很确定的是，28bp这个长度是否可能对大规模混样而需要许多复杂度较高的barcode什么的造成一定的麻烦）。而类似于未来的面向肿瘤无创早起筛查的游离肿瘤细胞（ctC）检测，游离肿瘤DNA（ctDNA）检测，以及面向产前胎儿基因组测序的胎儿有核红细胞（FNRBC）检测，所测绝大部分数据将是无用数据，CG这种“数据不要钱”的平台的优势可能就会显现。不就是堆数据量么，咱在行。3.2劣势嘛，数据量太大也是一个劣势——凑不满run，一般人根本跑不动。参考HiseqX尴尬的现状。然后读长是硬伤，所以除了“人类”“重测序”以外，几乎没法应用于别的领域了（熊猫那种比人类基因组复杂度还要远低的大概还是可以啦）。以及28bp对pooling时barcode的影响，表示略担心。其他的，参考CG以前的机器，其运行稳定性是个考验，毕竟8天时间不短，反应量数据量都巨大，不知道会不会很容易需要“售后”。

Illumina的、Roche的、ABI的，都是二代测序技术算是。也有一些号称为三代测序的技术，比如Pacific Biosciences的什么。主要特征是单分子测序。二代测序虽然快，但仍然需要扩增才有足够的量来测序。而扩增过程本身不同的基因会有一定的偏好性，做基因组没问题，但做转录组测序问题就有点突出了。三代号称都是不需要扩增，样品量极少就可以直接测的，感觉更准一样的。但实现上现在有很多问题，还不成熟。主要就是错读率还是有点高。Metagenome、转录组什么这些，这是这些高通量测序技术的应用而已。不管用什么高通量测序技术，几乎都可以做的。回复我个人认为 俗称的ABI，还是专指一代测序，那也是ABI最风光的年代。后来变成了Life Technologies，之后才有了Ion torrent 和proton。目前illumina的MiSeq 读长可以到2*300 bp， 大通量的HiSeq也能到2*150 bp。已经算很长的了。

最主要的是技术的更新，另外还有一部分是市场的占有策略。1，测序技术的改进：全基因组主要应用的是illumina的Hiseq X10的测序平台，该平台在图片信息处理和flowcell上都有很大的改进（原来是平板上长簇，现在上面有小孔），另外在扩增的技术上也有一点改进（RPA扩增技术）。以上几点使得数据的通量大大调高。所以相应的测序价格也会降低。2，市场占有策略：这一点我个人理解比技术更新更重要，illumina的战略思路，占有测序市场。其实illumina的Hiseq X10的测序平台试剂要比其他平台的试剂便宜很多。不过这个平台签有协议，只能做人的全基因组重测序项目。

文盲飘过。。。。。。

首先从原理上说，Illumina测序芯片是桥式扩增，形成“簇”，终止子法，双向测序；454是磁珠法扩增，利用聚合反应副产物PPi后续反应，得到荧光；ABI的SOLiD系统同样是磁珠法扩增，但利用的是连接反应（具体方法略显复杂）。 其次从性能上说，Illumina测序仪的通量极大，目前的HiSeq X已经达到1.6-1.8T；454则是读长最长（这三款）；ABI因为其连接反应测序的特点，其精度应该是最高的。 最后扒一扒他们的短儿，Illumina价格昂贵，尤其后期的极高通量的测序仪不是一般实验室能承受的。同时他们的仪器或许都有人看管，指定该类仪器只能进行某种生物样本的测序，当然其实性价比依然在；454的缺点，只在这三者中比的话，就是其同聚物准确度偏低；对于SOLiD，就是读长特别短，同时因为SOLiD的测序原理，测序系统都相对复杂，因此SOLiD系统不好升级，到了目前似乎已经很少听说SOLiD系统了。

flwocell是带有流通槽的玻璃滑块，是测序反应的载体，里面有8条lane。 lane是测序反应的平行泳道，是试剂添加、洗脱等过程的发生位置。 每一个lane里最小的单位叫做一个tile，每个tile会种下不同的cluster，每个tile在一次循环中会拍照4次（每个碱基一次）。 测序的结果就叫做一个reads，对双端测序来说，5"端reads叫reads1，3"端reads叫reads2。 https://www.bilibili.com/video/av13107081 样品准备就是在DNA fragments（片段）的末端添加adaptors（接头）。超声波将DNA分子打断成300-800bp长序列片段（人类基因组打成300-500bp），用酶补平为平末端，然后3‘端加一个A碱基（因为接头的3‘端有一个突出的T），再在两端加上互补配对的adapter，再通过PCR扩增达到一定浓度，构成单链DNA文库。 每一个lane固定了两种不同的oligos（寡聚核苷酸引物）（垂直于lane），测序时，两种oligos中的一种和fragment上的adaptor互补结合，如下图所示： 再之后双链分子变性，原始模板（左）被洗去，右边链通过bridge PCR进行扩增。随后不断扩增，生成数百万个cluster，如下图： 测序从第一个测序引物primer的延伸开始，生成第一个read（读段）。每一个核苷酸都带有荧光标记。四种核苷酸带有四个不同的荧光标记，发射出特征性的荧光信号，这个专有过程叫sequencing-by-synthesis.循环结束后，生成的read product被冲掉，在生成下一个read。整个过程生成数百万个reads，代表所有的fragment。 https://www.bilibili.com/video/av9273946 这个视频的21分有讲双端测序的过程，自己写的过程里没提到第二条链怎么生成的。 测序后生成的文件为fastq格式，每4行为一个read，read第1行：空格左边（从红色的1开始）为ID信息，DJG8....为测序仪信息，后边数字代表是测序仪运行的第272次。空格右边为barcode信息，用于区分样品。第2行为测序结果序列信息。第4行为碱基质量值。

陈巍学基因-illumina测序原理 官方-illumina测序原理 步骤： 一、sample prep（样本准备）：基因文库制备（一个基因组切断再加接头） 二、cluster generaton（簇的形成）：文库在测序芯片（流动池flowcell）上不断扩增，形成桥式PCR，再切掉反向链（reverse strand），形成许多簇相同的正向序列（正向链forward strand）。 三、sequencing（测序）：荧光信号、可逆阻断终止技术、Sequences-by-Synthesis 四、data analysis（数据分析） 一、基因文库： 二、桥式PCR：文库种到测序芯片，并进行扩增的过程。 测序芯片： 三、 双末端测序 ：即对正向链测序也对反向链测序。

illumina测序的技术核心原理是相同的都是边合成边测序的方法，它的测序过程主要分为四步： 利用超声波把待测的DNA样本打断成小片段，目前除了组装之外和一些其他的特殊要求之外，主要是打断成200-500bp长的序列片段，并在这些小片段的两端添加上不同的接头，构建出单链DNA文库。 Flowcell是用于吸附流动DNA片段的槽道，当文库建好后，这些文库中的DNA在通过flowcell的时候会随机附着在flowcell表面的channel上。每个Flowcell有8个channel，每个channel的表面都附有很多接头（P5和P7），这些接头能和建库过程中加在DNA片段两端的接头相互配对（这就是为什么flowcell能吸附建库后的DNA的原因），并能支持DNA在其表面进行桥式PCR的扩增。 桥式PCR以Flowcell表面所固定的接头为模板，进行桥形扩增(35X)。经过不断的扩增和变性循环，最终每个DNA片段都将在各自的位置上集中成束，每一个束都含有单个DNA模板的很多分拷贝，进行这一过程的目的在于实现将碱基的信号强度放大，以达到测序所需的信号要求。但PCR本身会造成的碱基错误也随之引进。 测序方法采用边合成边测序的方法。向反应体系中同时添加DNA聚合酶、接头引物和带有碱基特异荧光标记的4种dNTP。这些dNTP的3"-OH被化学方法所保护，因而每次只能添加一个dNTP。在dNTP被添加到合成链上后，所有未使用的游离dNTP和DNA聚合酶会被洗脱掉。接着，再加入激发荧光所需的缓冲液，用激光激发荧光信号，并有光学设备完成荧光信号的记录，最后利用计算机分析将光学信号转化为测序碱基。这样荧光信号记录完成后，再加入化学试剂淬灭荧光信号并去除dNTP 3"-OH保护基团，以便能进行下一轮的测序反应。 Illumina的这种测序技术每次只添加一个dNTP的特点能够很好的地解决同聚物长度的准确测量问题 (Homopolymer错误)，它的主要测序错误来源是碱基的替换，目前它的测序错误率在1%-1.5%之间。测序周期以人类基因组重测序为例，30x测序深度大约为1周。 链特异性测序可以保留最初产生RNA的方向，目前最常用的dUTP 链特异性建库的方法首先利用随机引物合成RNA的一条cDNA链，在合成第二条链的时候用dUTP代替dTTP，加adaptor后通过 尿嘧啶DNA糖基酶 处理，将有U的第二条cDNA降解掉。尿嘧啶DNA糖基酶能够催化含尿嘧啶的单链和双链DNA释放游离尿嘧啶，对RNA无活性，这样 最后的insert DNA fragment都是来自于第一条cDNA 因此，以dUTP链特异性建库方式测序RNA的结果中，R1文件中read的方向和基因的方向（正义链）是相反的，而R2文件中的read2 方向和基因的方向是相同的。 上样 flowcell是用于吸附流动DNA片段的槽道，测序就在此进行。lane上随机分布两种接头， p5‘ （与P5互补）， P7 （与P7"互补），待测序列自带了p5接头和p7接头。序列只能一开始是利用p5接头互补，因为p7接头和lane是一样的。将构建好文库中的待测序列配置成一定的浓度通过flowcell，序列会在特异的化学试剂作用下，强力随机地附着在lane上，并与上面的短序列配对。上样的结果就是lane吸附住了冲过来的DNA，并且可以在表面进行桥式PCR扩增。要测序的是模版链p5 - p7，开始它与lane接头配对产生了互补链，后来强碱试剂作用下去杂，两条链被分开，由于模版链没有附着在lane上，模版链被冲走，但是互补链p5‘- p7‘ 依然稳稳固定在lane上。加入缓冲溶液，互补链的p7‘和lane上的p7互补（但还是一个lane中的），目的是快速扩增lane p7接头连接的链，也就是下图中的Forward Strand，它和模版链是一致的，后来测序的只用这一部分。PCR弯成桥状，一轮桥式扩增一倍，大约35个循环后，最终每个DNA片段都将在各自的位置上集中成束，这PCR是一群完全相同的序列，叫做cluster。桥式PCR目的在于实现放大单一碱基的信号强度，满足后期测序需求。桥式PCR完成后，形成了很多的桥形的互补双链，再次强碱解链。这一次不再进行复制，而是利用甲酰胺基嘧啶糖苷酶（Fpg）选择性的切掉lane 上p5‘ 连接的链，只留下了与lane p7连接的链即Forward Strand。 测序

illumina 双端测序（pair end） illumina测序的核心在于利用可逆终止的、荧光标记的dNTP进行边合成边测序（Sequencing-By-Synthesis, SBS ） Flowcell（流动池）是有着2个或8个lane（泳道）的玻璃板，每个lane可以测一个样本或者多样本的混合物，且随机布满了能够与文库两端接头分别 互补配对或一致 的寡核苷酸（oligos，P7和P5接头）。一个lane包含两列，每一列有60个tile，每个tile会种下不同的cluster，每个tile在一次循环中会拍照4次（每个碱基一次）。 B站视频链接，讲的很详细： 【陈巍学基因】视频1：Illumina测序化学原理_哔哩哔哩_bilibili 1. 利用转座子（transposome）对双链DNA进行剪切以及接头（adapter）的连接 2. 接头连接成功后，利用低循环扩增技术在接头处进行修饰，分别在两端添加sequencing primer binding site1 / sequencing primer binding site2（即测序引物结合位点）、index1/index2以及我们称之P5和P7的寡核苷酸序列 下图是维基百科的示意图，详细一些。 注意： 关于index，也叫barcodes，因为一个lane可以同时测多个样品，为了避免混淆样品的read products，每种样品的DNA由一种index修饰，这样测序得到的reads都是具有index标记的，在测序结果中，依据之前标签与样品的对应关系，就可以获得对应样品的数据。而这里的 index1和index2是为了区分paired-end测序得到的双端reads 。 1. Flowcell上随机分布了两种不同的寡核苷酸序列，分别 与P5互补（即P5"），与P7一致（即P7） 。 2. 待测sequence通过P5与folwcell上的P5"序列杂交互补，以待测sequence为模板进行互补链（即reverse strand）的延伸，互补链的两端为P5"和P7"。 3. 接下来模板链被切断并洗下 Reverse strand的P7"与Flowcell上的P7杂交互补，进行链的合成，这就是我们所熟知的 桥式PCR 接下来合成的双链被解链，再分别与Flowcell上的接头杂交互补，延伸，解链，杂交，延伸，解链...如此重复35个循环 4. 桥式PCR完成后，使用NAOH将双链解链，并利用甲酰胺基嘧啶糖苷酶（Fpg）对8-氧鸟嘌呤糖苷（8-oxo-G）的选择性切断作用，选择性地将P5"与链的连接切断， 留下与Flowcell上P7连接的链 ，也就是Forward strand。同时游离的3"端被阻断，防止不必要的DNA延伸 1. 测序引物（sequencing primer）结合到靠近P5的测序引物结合位点1（sequencing primer binding site 1）上，在系统中加入四种dNTP和DNA聚合酶。这里的dNTP有两个特点：它是有荧光基团标记的，每种碱基标记的荧光基团不一样；它的3"末端连了一个叠氮基，这个叠氮基能够阻断后面的碱基与它相连 因此在聚合酶的作用下，与Forward strand相应位置碱基配对的dNTP就会结合到新合成的链上，而由于叠氮基的存在，后面的dNTP无法继续连接。这时用水将剩余的dNTP和酶给冲掉，将Flowcell进行扫描，扫描出来的荧光对应的碱基的配对碱基即是该链该位置的碱基。同时在这个Flowcell上有成千上万个cluster也在进行同样的反应，因此一个循环就能同时检测多个样本（这也是高通量的核心所在）。这个循环完成后，加入化学试剂把叠氮基和标记的荧光基团切掉，进行下一个循环（碱基的连接、检测与切除）。如此重复直至所有链的碱基序列被检测出，也就是Forward read 序列。 2. Index测序：所有循环结束后，read products 被洗掉，index1 primer与链上index primer1 结合位点杂交配对，进行index1的合成及检测 3. Index1测序完成后，洗脱测序产物。此时机器已通过荧光得到了index1的序列 4.Index2测序：Forward strand顶端的P5序列与Flowcell上的P5"杂交配对，进行index2测序。测序完成后洗脱产物 1. 洗脱index2测序产物后，以Flowcell上的P5"为引物，Forward strand为模板进行桥式扩增，得到双链 2. NAOH使双链变性为单链，并洗去已经测序完成的Forward strand 3. 类似的，readprimer2结合到靠近P7"的read primer binding site 2开始对Reverse strand的测序。测序完成后即可得到Reverse read序列。 前面介绍的都是paired-end的测序，而single-end测序方式是只将index，sequencing primer binding site以及P7/P5添加到 fragamented DNA片段的一端，另一端直接连上P5/P7，将片段固定在Flowcell上桥式PCR生成DNA簇，然后单端测序读取序列

目前我们主要分析的数据还是二代测序的数据，也就是大家经常挂在嘴边的 NGS ，而这其中最大的赢家应该算是 illumina 测序公司了，其经典的边合成边测序（sequencing by synthesis，SBS）巧妙地利用带不同荧光的dNTP来让碱基组成可视化，本身还是很有意思的。但随之而来的就有一些问题，比如以RNA-seq为例， 如果你是一个经典的从表达矩阵开始的数据分析选手，那其实建库细节对你来说好像也没那么重要；而如果你是一个从原始fastq下机数据（甚至建库实验）开始的数据分析选手，此时建库的细节就可能显得尤为重要，需要你做到知根知底。 或许你经常遇到一些名词，其中有一些可能让你感到迷惑： 现在我们就以illumina经典的 TruSeq Stranded mRNA 建库测序为例来走一遍整个illumina测序的流程，为什么会选择这个建库策略呢？ 首先，RNA-seq是目前我们触手可及、应用最广的基因表达量检测技术；其次，相较之于链非特异性测序，链特异性测序对大多数人来说更复杂，更难以理解。 关于链特异性测序我之前已经有一个长篇大论谈到了这个问题： 一文阐述链特异性测序——stranded? reverse-stranded? un-stranded? ，阅读量还不错，反馈也还可以，有兴趣的可以去看看，在这里就只以 TruSeq Stranded mRNA 为例了。 老规矩，我还是以图辅以文字的方式来先整体介绍一下 TruSeq Stranded mRNA ： 对着流程看，提前说一下， 红色始终代表sense strand的信息，天蓝色代表antisense strand的信息 ： 注意了，我们现在回到这个结构，开始走上机测序的流程： 做过fastq文件比对的人都知道，这个过程中非常重要的，大家挂在嘴边的就是 去接头 ，第三个名词出来了： adapter 。那么到底什么是接头？ fastqc 这样的软件又是怎样检测到的？ cutadapt 、 fastp 、 trimmomatic 、 trim_galore 这些软件又是怎么去接头的？似乎这些都是灰色地带，下面是我的理解： 首先还是看文库结构： 这实际上很好理解，我们没有人去adapter是从fastq文件中每条read的开头去的。那么什么是adapter呢？你可以简单理解为，在一个文库中，非生物学序列的其余序列都属于adapter，包括 P5、P7、测序引物结合位点 。那么fastqc是怎么检测adapter的呢？你去看看fastqc的GitHub，会发现它有这样的几个序列： 你可能会觉得很神奇，其实fastqc判断你的序列有没有adapter就是在和这几个序列做简单的匹配罢了。接踵而来的问题就是： 首先给答案： 听起来很离谱，画个图就清楚了： 果然，不能说完全相同，只能说一模一样，也就是说，现在市场上所有的Tn5转座酶都必须将这段序列连接到DNA的两端，这样才能让我们检测到adapter。 你可能还是不信，好吧，那再来一个其它的例子吧： 这不能说完全相同，只能说一模一样吧……总该信了？ 结束了上面的测试，你或许会发现一个问题： 那按这么说，是不是read1和read2的测序引物的3"端总是会有部分是一样的啊？一样的部分就是作为判断adapter是否存在的那条序列？ 你自己看看上面的那个图，不就知道了， 事实上就是这样。 最后，为了让你更信，我还把trim_galore的adapter序列也粘贴在这里，这不和fastqc的一模一样？原来纷繁复杂的illumina测序竟然这么统一！

illumina高通量测序介绍如下：1.原理illumina的Hiseq2000和454都是通过单序列的扩增放大信号，只是Hiseq2000中间有桥式扩增，可以两头测序。测序长度来讲，Hiseq2000一般为1X100和2X100的模式，而454平均500bp左右，最长700左右，测序准确度来讲Hiseq的测序准确度稍高一些，454由于在测序的过程每次是加一种碱基，所有如果是单碱基重复，比如AAAA，那么区分几个A的准确性就会下降。2.数据分析和应用方向数据分析相差不大，只是不同的软件，应用方面两者各有优势，Hiseq2000数据适应性更高。454一般是宏基因组种群丰度测序上应用更好一些，不过illumina也有MIseq代替。3.通量和价格HISEQ2000的通量要高一些，价格比454便宜很多。综合来讲454现在应用面比较窄了，所以在市场上现在也慢慢被代替掉了。现在耗材和试剂也很快就停服务了。不过Hiseq现在市场上也都2500居多了，并且现在也有新的的技术更新的3000和4000。说实话现在Hiseq2000也很少了。

读做：衣露米娜是个著名公司的名字，并不是一个正式的单词，是illuminate的变种，就是照亮，使----亮起来的意思，可以翻译成光照公司，英语起名时会常常使用一个些自创的单词变种来显得更酷，举个最简单的例子，cokacola，这个单词本来也是没有的，公司名气了，就进入字典，就像中文里用自创的词语做公司名一样，淘宝，天猫，这些也是自创的词语。

向来纠纷不断的基因测序领域又迎来新的诉讼。 据悉，全球基因测序霸主Illumina在上月宣布已向德国杜塞尔多夫地区法院对华大集团的子公司拉脱维亚华大智造提出专利侵权诉讼。诉状称，华大智造的测序产品，包括BGISeq-500、MGISeq-2000和相关化学试剂，侵犯了编号为EP 1 530 578 B1的专利。该专利涵盖了Illumina公司特有的边合成边测序技术。 值得注意的是，在Illumina官网上，一份2010年的公告显示华大集团曾向Illumina采购了其HiSeq 2000测序系统。而当时深圳华大基因研究院副院长张秀清曾表示这是华大集团为全球科学家开发提供基础测序设施的重要一步。 华大智造是华大基因集团旗下测序仪研发制造板块企业，在目前全球主流的二代测序仪方面，华大智造位居全球前三，双方在测序仪生产销售上存在激烈竞争。另一方面，曾经华大集团的测序服务板块也是Illumina的大客户，但如今随着华大智造在二代测序仪上的突破，华大基因也不再从Illumina进行采购，而是转向采购华大智造产品。 华大集团方面对界面新闻回应称，华大集团自己的技术很有信心。华大集团旗下华大智造目前已累计投入超过50亿元人民币的研发经费，实现测序技术源头式专利布局，已经打破基因测序产业上游的市场垄断。关于专利纠纷，正在积极应对，会采取相应的法律行动，不排除会用反诉等法律武器保护其合法权利。 此外据悉，目前华大智造在国内外的相关产品的销售尚未受到影响。 华大智造的拉脱维亚子公司是为欧洲的销售做准备，而本次存在纠纷的产品来源于华大智造此前收购的Complete Genomics公司，在被华大智造收购前Illumina就曾与Complete Genomics有过数次专利诉讼纠纷，但已于2013年和解。 界面新闻从欧盟专利局官网查询发现，这两项专利均于2003年申请。有业内人士介绍，一般来说专利期为20年，到期前一两年竞争对手可能就开始进行销售筹备等工作。上述人士表示，目前看，Illumina所指控的应该是一个测序仪试剂的某些细小的技术，这些技术“难度不大，但是是测序仪必须必备的，无法绕开”。上述业内人士认为，由于技术复杂，究竟Illumina这次所指控的具体是哪一点，又将如何证明，很难预测。 公开信息显示，此前有一家德国公司QIAGEN GmbH也曾因此次涉及到的专利EP 1 530 578 B1，卷入到Illumina的诉讼中。 另外一位行业人士则表示，从原理上来说，双方产品的底层技术相同，但实现路径不一样。 据华大智造COO蒋慧此前介绍，华大智造测序仪使用的核心技术称为DNBSEQ，基于单链滚环的扩增技术。其他公司使用的另一种技术，是基于芯片上的桥式PCR技术，在芯片上进行PCR的扩增，而这两种技术是短读长高通量测序中比较差异化的技术路线。 此外，相互发起专利诉讼已是基因测序领域的常态事件，Illumina曾对全球多家企业发起过专利诉讼，但也曾有过被凯杰、美国哥伦比亚大学等反诉。

Illumina测序原理是一种叫做“链式反应（Chain Reaction）”的技术，它可以将DNA序列转换为可读的数据。它的基本原理是以特定的 DNA序列为模板，分子生物学家们使用酶和反转录酶来将DNA序列转换为可读的数据。拓展：Illumina测序技术也可以用来研究多种基因和细胞表达，可以研究基因突变、蛋白质结构和功能，并可以用来识别和比较不同物种之间的遗传差异。此外，Illumina测序技术还可以用来研究DNA的组织结构，以及DNA组织结构如何影响基因表达和细胞表达。这种技术还可以用来研究基因组的演变，以及如何影响基因表达和细胞表达。

启迪

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brighten的形容词形式： bright 美 /brau026at/ 英 /brau026at/ adj. 明亮的，鲜明的；聪明的；愉快的 adv. 明亮地；光明地；欢快地 n. 车头灯光 复数 brights 比较级 brighter 最高级 brightest 双语例句： The new railway station has three spacious and bright waiting rooms. 新建的火车站有三个宽敞明亮的候车室。